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  1. 1
    ELIXIR-CONVERGE D9.3 Best practices documents on data standards - relates to task 9.3

    المؤلفون: Monzón Fernández, Sara, Nyberg Åkerström, Wolmar, Lara, María, Cuesta de la Plaza, Isabel, Neves, Aitana, Mohamed, Anliat, Salgado, David, Pilvar, Diana, Inno, Heleri, Messak, Imane, van Helden, Jacques, Willassen, Nils-Peder, Denecker, Thomas, Pergl, Robert, Suchánek, Marek

    مصطلحات موضوعية: FAIR data, Data Standards, SARS-COV-2, ELIXIR-CONVERGE, ELIXIR, Data Management

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::2b33a3557f3964b65571ca68ed68f179

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  2. 2
    ELIXIR-CONVERGE D9.2 Document where code from the various regional/national data hubs is available; training documentation on data submission by the platforms - relates to tasks 9.1-9.2

    المؤلفون: Neves, Aitana, Dolanski-Aghamanoukjan, Lorenz, Maier, Wolfgang, Pergl, Robert, Akerström, Wolmar Nyberg, Hjerde, Erik, Cuesta, Isabel, Popleteeva, Marina, Oulas, Anastasia, Mohamed, Anliat, Tonazzolli, Arianna, Pilvar, Diana, Calhoun, Erin, Åberg, Espen, Erard, Frédéric, Rasche, Helena, Messak, Imane, van Helden, Jacques, Lara, Maria, Rahman, Nadim, Karathanasis, Nestoras, Willassen, Nils-Peder, Zmora, Pawel, Monzón, Sara, Hiltemann, Saskia, Singhroha, Sunny, Klemetsen, Terje, Denecker, Thomas, Waheed, Zahra

    مصطلحات موضوعية: COVID-19 Data Platform, RDMKit, COVID-19, SARS-COV-2, data brokering, ELIXIR-CONVERGE, COVID-19 Data Portal, ELIXIR

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::7d23ad20c2e5092512ef9529991c1078

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  3. 3
    Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository

    المؤلفون: Rousseau, Baptiste, Jamilloux, Véronique, Denecker, Thomas, Chiapello, Hélène, Bize, Ariane

    المساهمون: Procédés biotechnologiques au service de l'environnement (UR PROSE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Carnot 3BCar project, Société Française de BioInformatique

    المصدر: JOBIM 2023
    JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France.

    مصطلحات موضوعية: Principes FAIR, Open Science, meta-omics, FAIR principles, Data Brokering, Environmental Biotechnologies, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Biotechnologie environnementale, Métaomiques, Courtage de données, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Science ouverte

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::6b78fa4bf14edc2b4fe161f8db19c205
    https://hal.inrae.fr/hal-04139284

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  4. 4
    دورية أكاديمية
    Label-free quantitative proteomics in Candida yeast species: technical and biological replicates to assess data reproducibility

    المؤلفون: Lelandais, GaëlleAff1, Denecker, Thomas, Garcia, Camille, Danila, Nicolas, Léger, Thibaut, Camadro, Jean-MichelAff2, Aff3

    المصدر: BMC Research Notes. 12(1)

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  5. 5
    Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique 2023.pdf

    المؤلفون: Denecker, Thomas, Berthelier, Charlotte

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::c7d9cc6f94bd4a4471389023ec1bb81a

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  6. 6
    دورية أكاديمية
    Empowering the detection of ChIP-seq “basic peaks” (bPeaks) in small eukaryotic genomes with a web user-interactive interface

    المؤلفون: Denecker, ThomasAff1, Lelandais, Gaëlle

    المصدر: BMC Research Notes. 11(1)

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  7. 7
    Omics Analyses: How to Navigate Through a Constant Data Deluge

    المؤلفون: Denecker, Thomas, Lelandais, Gaëlle

    المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Denecker, Thomas, Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ. Paris-Sud, Universite Paris-Saclay, 91198 ´ Gif-sur-Yvette, France

    المصدر: Methods in Molecular Biology ISBN: 9781071622568

    مصطلحات موضوعية: [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], data deluge, analysis cycle, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], visualization, omics

    وصف الملف: application/pdf

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::60d9b603f0d5154bfb90c833b576b47f
    https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2257-5_25

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  8. 8
    Omics analyses, how to navigate through a constant data deluge

    المؤلفون: Denecker, Thomas, Lelandais, Gaëlle

    المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Denecker, Thomas

    مصطلحات موضوعية: [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], data deluge, analysis cycle, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], visualization, omics

    وصف الملف: application/pdf

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=od______1398::ca04f73756951eb20239bcd9dbf63153
    https://hal.science/hal-03429581/document

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  9. 9
    EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research program

    المؤلفون: Denecker, Thomas, Messak, Imane, Mohamed, Anliat, Antoinat, Chiara, Le Bars, Arthur, Tonazzolli, Arianna, Demaille, Benjamin, Sand, Olivier, Gerbes, François, Rosnet, Thomas, Bouri, Laurent, Seiler, Julien, Charrière, Nicole, Antoniewski, Christophe, Bozorgan, Anne, Castro Alvarez, Javier, Sudour, Jeanne, Le Strat, Yann, Coignard, Bruno, Amzert, Abdelkader, Gharbi, Nebras, Lethimonier, Franck, Chiapello, Hélène, Naouar, Naira, Médigue, Claudine, Le Corguillé, Gildas, Salgado, David, van Helden, Jacques

    مصطلحات موضوعية: SARS-CoV-2, COVID-19, genomic surveillance, health data, EMERGEN-Bioinfo

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::4d109da8792abc6b75ca703f4587c7d8

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  10. 10
    EMERGEN-DB : The French database for SARS-CoV-2 genomic surveillance and research

    المؤلفون: Messak, Imane, Mohamed, Anliat, Antoinat, Chriara, Le Bars, Arthur, Tonazzolli, Arianna, Demaille, Benjamin, Sand, Olivier, Gerbes, François, Rosnet, Thomas, Bouri, Laurent, Seiler, Julien, Charrière, Nicole, Antoniewski, Christophe, Bozorgan, Anne, Castro Alvarez, Javier, Sudour, Jeanne, Le Strat, Yann, Coignard, Bruno, Amzert, Abdelkader, Gharbi, Nebras, Lethimonier, Franck, Chiapello, Hélène, Naouar, Naira, Médigue, Claudine, Le Corguillé, Gildas, Salgado, David, van Helden, Jacques, Denecker, Thomas

    مصطلحات موضوعية: genomic surveillance, SARS-CoV-2, EMERGEN-Bioinfo, COVID-19, EMERGEN-DB

    URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::282a8add1acf5b746b1a5009befd8846

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