المؤلفون: Amatur Rahman, Yoann Dufresne, Paul Medvedev

المصدر: Algorithms for Molecular Biology, Vol 19, Iss 1, Pp 1-11 (2024)

مصطلحات موضوعية: Biology (General), QH301-705.5, Genetics, QH426-470

وصف الملف: electronic resource

Relation: https://doaj.org/toc/1748-7188

URL الوصول: https://doaj.org/article/752476abc619485db84d6a7a6b54552b

المؤلفون: Francesco Andreace, Pierre Lechat, Yoann Dufresne, Rayan Chikhi

المصدر: Genome Biology, Vol 24, Iss 1, Pp 1-19 (2023)

مصطلحات موضوعية: Pangenomics, de Bruijn graphs, Variation graphs, Sequence analysis, Algorithms, Biology (General), QH301-705.5, Genetics, QH426-470

وصف الملف: electronic resource

Relation: https://doaj.org/toc/1474-760X

URL الوصول: https://doaj.org/article/75120c1ff0e047c09e3f59223dc3ef0f

المؤلفون: Yoann Dufresne, Franck Lejzerowicz, Laure Apotheloz Perret-Gentil, Jan Pawlowski, Tristan Cordier

المصدر: BMC Bioinformatics, Vol 20, Iss 1, Pp 1-6 (2019)

مصطلحات موضوعية: eDNA metabarcoding, High-throughput sequencing, Molecular ecology, Pipeline, Reproducibility, Amplicon sequencing, Computer applications to medicine. Medical informatics, R858-859.7, Biology (General), QH301-705.5

وصف الملف: electronic resource

Relation: http://link.springer.com/article/10.1186/s12859-019-2663-2; https://doaj.org/toc/1471-2105

URL الوصول: https://doaj.org/article/c768e7915d5b40048f212b28c02adaaa

المؤلفون: Hugo Caro, Sulyvan Dollin, Anne Biton, Bryan Brancotte, Dimitri Desvillechabrol, Yoann Dufresne, Blaise Li, Etienne Kornobis, Frédéric Lemoine, Nicolas Maillet, Amandine Perrin, Nicolas Traut, Bertrand Néron, Thomas Cokelaer

المساهمون: Biomics (plateforme technologique), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Algorithmes pour les séquences biologiques - Sequence Bioinformatics, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Neuroanatomie Appliquée et Théorique / Applied and Theoretical Neuroanatomy (NAAT), France Génomique Consortium (ANR 10-INBS-09-08) and IBISA and the Biomics Platform of Institut Pasteur, Paris, France, ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)

مصطلحات موضوعية: [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::9a7a2cefc8b4c2ab1f4662fb4c9d396e
https://doi.org/10.1101/2023.03.13.532455

المؤلفون: Yoann Dufresne, Teo Lemane, Pierre Marijon, Pierre Peterlongo, Amatur Rahman, Marek Kokot, Paul Medvedev, Sebastian Deorowicz, Rayan Chikhi

المساهمون: Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Heinrich Heine Universität Düsseldorf = Heinrich Heine University [Düsseldorf], Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System, Silesian University of Technology, R.C. was funded by ANR Inception (ANR-16-CONV-0005) and PRAIRIE [ANR-19-P3IA-0001] grants. M.K. and S.D. were supported by the National Science Centre, Poland [DEC-2019/33/B/ST6/02040]. Work supported in part by the National Science Foundation [1453527 and 1931531], and by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement No 956229., ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-19-P3IA-0001,PRAIRIE,PaRis Artificial Intelligence Research InstitutE(2019), European Project: 956229,H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions,ALPACA(2021)

المصدر: Bioinformatics
Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩

مصطلحات موضوعية: Statistics and Probability, Compact Disks, Computational Mathematics, Computational Theory and Mathematics, Sequence Analysis, DNA, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Molecular Biology, Biochemistry, Software, Algorithms, Computer Science Applications

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::d7e9997af7e2635c54dd070e3728a3ee
https://inria.hal.science/hal-03885245

المؤلفون: Franck Lejzerowicz, Laure Apotheloz Perret-Gentil, Jan Pawlowski, Tristan Cordier, Yoann Dufresne

المساهمون: University of Geneva [Switzerland], Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California, This work was supported by the Swiss National Science Foundation grant 31003A \ _159709, and the Swiss Network of International Studies project 'Monitoring marine biodiversity in the genomic era'., Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California (UC)

المصدر: BMC Bioinformatics
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.88. ⟨10.1186/s12859-019-2663-2⟩
BMC Bioinformatics, 2019, 20 (1), pp.88. ⟨10.1186/s12859-019-2663-2⟩
BMC Bioinformatics, Vol 20, Iss 1, Pp 1-6 (2019)

مصطلحات موضوعية: Computer science, MESH: Algorithms, lcsh:Computer applications to medicine. Medical informatics, Biochemistry, DNA sequencing, law.invention, Molecular ecology, eDNA metabarcoding, 03 medical and health sciences, User-Computer Interface, MESH: Software, 0302 clinical medicine, Structural Biology, law, Pipeline, Web application, DNA Barcoding, Taxonomic, Environmental DNA, MESH: DNA Barcoding, Taxonomic, Molecular Biology, lcsh:QH301-705.5, Polymerase chain reaction, 030304 developmental biology, Amplicon sequencing, MESH: User-Computer Interface, 0303 health sciences, Internet, High-throughput sequencing, business.industry, Applied Mathematics, Reproducibility of Results, Reproducibility, Computer Science Applications, MESH: Reproducibility of Results, MESH: Internet, lcsh:Biology (General), 030220 oncology & carcinogenesis, lcsh:R858-859.7, DNA microarray, Primer (molecular biology), [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, Software engineering, Algorithms, Software

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::53d84ff7f441a3358e7e342fefbd2832
https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03263390/file/s12859-019-2663-2.pdf

المؤلفون: Thorsten Stoeck, Catarina I. M. Martins, Tristan Cordier, Yoann Dufresne, Dominik Forster, Jan Pawlowski

المساهمون: Department of genetics and evolution, Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), University of Kaiserslautern [Kaiserslautern], Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Swiss Network for International Studies. Grant Number: 316030_150817 Swiss National Science Foundation. Grant Number: 31003A_179125 Deutsche Forschungsgemeinschaft. Grant Number: STO414/15-1 Carl Zeiss Foundation NVIDIA GPU grant program, University of Geneva [Switzerland], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Molecular Ecology Resources
Molecular Ecology Resources, 2018, 18 (6), pp.1381-1391. ⟨10.1111/1755-0998.12926⟩
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2018, 18 (6), pp.1381-1391. ⟨10.1111/1755-0998.12926⟩

مصطلحات موضوعية: 0301 basic medicine, computer.software_genre, chemistry.chemical_compound, Molecular marker, Biomonitoring, Environmental DNA, supervised machine learning, Independent data, Eukaryota, Biodiversity, predictive models, MESH: Eukaryota, MESH: Supervised Machine Learning, Taxonomy (biology), MESH: Metagenomics, MESH: Environmental Monitoring, Biotechnology, Environmental Monitoring, Biology, Machine learning, MESH: Biodiversity, 03 medical and health sciences, MESH: Computer Simulation, Genetics, DNA Barcoding, Taxonomic, Computer Simulation, 14. Life underwater, MESH: DNA Barcoding, Taxonomic, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Bacteria, business.industry, Marine aquaculture, Significant difference, biotic indices, environmental DNA, MESH: Bacteria, 030104 developmental biology, chemistry, RNA, Ribosomal, biomonitoring, MESH: Biomarkers, MESH: RNA, Ribosomal, Artificial intelligence, Metagenomics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, Bioindicator, computer, Biomarkers

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::07a66bb2f0bb8f4e15019408bb2a1cf0
https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03263394

المؤلفون: Samuel Blanquart, Yoann Dufresne, Loïc Couderc, Hélène Touzet, Pierre Pericard

المساهمون: Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatics and Sequence Analysis (BONSAI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), BILILLE, Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Bioinformatics
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (4), pp.585-591. ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 34 (4), pp.585-591. ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
Bioinformatics, 2018, 34 (4), pp.585-591. ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩
Bioinformatics, 2017, 34 (4), pp.585-591. ⟨10.1093/bioinformatics/btx644⟩

مصطلحات موضوعية: 0301 basic medicine, Statistics and Probability, Computer science, 030106 microbiology, Computational biology, Biochemistry, 03 medical and health sciences, RNA, Ribosomal, 16S, Humans, Molecular Biology, Gene, Phylogeny, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Phylogenetic tree, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Sequence Analysis, DNA, 16S ribosomal RNA, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Gastrointestinal Microbiome, Computer Science Applications, Computational Mathematics, 030104 developmental biology, Computational Theory and Mathematics, Metagenomics, Metagenome, Taxonomy (biology), [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Algorithms, Software

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::bb6c6d5c76c59db079a6f15a0bb7810c
https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03263400

المؤلفون: Samuel Blanquart, Hélène Touzet, Yoann Dufresne, Pierre Pericard

مصطلحات موضوعية: Genetics, Phylogenetic tree, Metagenomics, High resolution, Computational biology, Biology, Gene, Genome

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::34adb8ffef1a76aa74214f7d3f0d2aa0

المؤلفون: Valérie Leclère, Qassim Esmaeel, Maude Pupin, Yoann Dufresne, Philippe Jacques, Areski Flissi

المساهمون: Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatics and Sequence Analysis (BONSAI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 (CRIStAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille, Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille (CRIStAL) - UMR 9189 (CRIStAL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Centrale de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Artois (UA)-Institut Supérieur d'Agriculture, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Synthetic and Systems Biotechnology
Synthetic and Systems Biotechnology, KeAi, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩
Synthetic and Systems Biotechnology, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩
Synthetic and Systems Biotechnology, Vol 1, Iss 2, Pp 89-94 (2016)

مصطلحات موضوعية: 0301 basic medicine, lcsh:Biotechnology, Biomedical Engineering, Computational biology, Biology, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Article, 03 medical and health sciences, Resource (project management), Structural Biology, Nonribosomal peptide, lcsh:TP248.13-248.65, Genetics, Norine, lcsh:QH301-705.5, database, chemistry.chemical_classification, nonribosomal peptides, 010405 organic chemistry, secondary metabolites, Combinatorial chemistry, 0104 chemical sciences, 030104 developmental biology, lcsh:Biology (General), chemistry, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::66dd550857517d3afa456ab9e53cc1c7
https://hal.inria.fr/hal-01250614/file/ssb2015.pdf