دورية أكاديمية
COVID-19 diagnosis by RT-qPCR in alternative specimens.
| العنوان: | COVID-19 diagnosis by RT-qPCR in alternative specimens. |
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| المؤلفون: | Gonçalves CCA; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Barroso SPC; Hospital Naval Marcílio Dias, Instituto de Pesquisas Biomédicas, Laboratório de Biologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Herlinger AL; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Galliez RM; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Almeida TB; Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira, Departamento de Biotecnologia Marinha, Arraial do Cabo, RJ, Brasil., Boullosa LT; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Nascimento ERDS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Almeida JM; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., da Costa RMDSC; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.; Hospital Naval Marcílio Dias, Instituto de Pesquisas Biomédicas, Laboratório de Biologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., da Paixão TM; Hospital Naval Marcílio Dias, Divisão de Doenças Infecto-Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Couceiro JNDSS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Frauches TS; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto, Maricá, RJ, Brasil., de Souza WR Jr; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto, Maricá, RJ, Brasil., Costa AR; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto, Maricá, RJ, Brasil., Faffe DS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biofísica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Leitão IC; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biofísica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., da Silva BO; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Centro de Ciências da Saúde, Decania, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Lira GS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Almeida ILC; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Ferreira ODC Jr; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Castiñeiras TMPP; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Mariani D; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Tanuri A; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. |
| مؤلفون مشاركون: | UFRJ-Covid19 Workgroup; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. |
| المصدر: | Memorias do Instituto Oswaldo Cruz [Mem Inst Oswaldo Cruz] 2021 Aug 13; Vol. 116, pp. e210085. Date of Electronic Publication: 2021 Aug 13 (Print Publication: 2021). |
| نوع المنشور: | Journal Article |
| اللغة: | English |
| بيانات الدورية: | Publisher: Instituto Oswaldo Cruz Country of Publication: Brazil NLM ID: 7502619 Publication Model: eCollection Cited Medium: Internet ISSN: 1678-8060 (Electronic) Linking ISSN: 00740276 NLM ISO Abbreviation: Mem Inst Oswaldo Cruz Subsets: MEDLINE |
| أسماء مطبوعة: | Original Publication: Rio de Janeiro : Instituto Oswaldo Cruz |
| مواضيع طبية MeSH: | COVID-19* , COVID-19 Testing*, Humans ; Nasopharynx ; Real-Time Polymerase Chain Reaction ; SARS-CoV-2 ; Saliva ; Specimen Handling |
| مستخلص: | Background: The high demand for adequate material for the gold standard reverse transcription real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR)-based diagnosis imposed by the Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, combined with the inherent contamination risks for healthcare workers during nasopharyngeal swab (NP) sample collection and the discomfort it causes patients, brought the need to identify alternative specimens suitable for the diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Objectives: The aim of this work was to compare saliva and gingival fluid swabs to NP swabs as specimens for RT-qPCR-based SARS-CoV-2 diagnosis. Methods: We compared gingival fluid swabs (n = 158) and saliva (n = 207) to the rayon-tipped NP swabs obtained from mild-symptomatic and asymptomatic subjects as specimens for RT-qPCR for SARS-CoV-2 detection. Findings: When compared to NP swabs, gingival fluid swabs had a concordance rate of 15.4% among positive samples, zero among inconclusive, and 100% among negative ones. For saliva samples, the concordance rate was 67.6% among positive samples, 42.9% among inconclusive, and 96.8% among negative ones. However, the concordance rate between saliva and NP swabs was higher (96.9%) within samples with lower cycle threshold (Ct) values (Ct > 10 ≤ 25). Main Conclusions: Our data suggests that whereas gingival fluid swabs are not substitutes for NP swabs, saliva might be considered whenever NP swabs are not available or recommended. |
| References: | Emerg Infect Dis. 2006 Nov;12(11):1657-62. (PMID: 17283614) Exp Mol Med. 2020 Jun;52(6):963-977. (PMID: 32546849) J Clin Microbiol. 2020 Jul 23;58(8):. (PMID: 32393482) N Engl J Med. 2020 Sep 24;383(13):1283-1286. (PMID: 32857487) PLoS One. 2021 Dec 15;16(12):e0260487. (PMID: 34910739) Int J Infect Dis. 2021 Mar;104:255-261. (PMID: 33401035) J Med Virol. 2021 Jan;93(1):533-536. (PMID: 32621616) Clin Infect Dis. 2020 Jul 28;71(15):841-843. (PMID: 32047895) Int J Oral Sci. 2020 Feb 24;12(1):8. (PMID: 32094336) Mem Inst Oswaldo Cruz. 2021 Apr 16;116:e210018. (PMID: 33886872) Nat Med. 2021 May;27(5):892-903. (PMID: 33767405) Braz J Infect Dis. 2020 Mar - Apr;24(2):180-187. (PMID: 32330437) J Pediatric Infect Dis Soc. 2020 Jul 13;9(3):370-372. (PMID: 32463086) N Engl J Med. 2020 May 21;382(21):2061-2063. (PMID: 32294341) J Infect. 2020 Jul;81(1):e45-e50. (PMID: 32298676) |
| تواريخ الأحداث: | Date Created: 20210818 Date Completed: 20210820 Latest Revision: 20240403 |
| رمز التحديث: | 20240403 |
| مُعرف محوري في PubMed: | PMC8370469 |
| DOI: | 10.1590/0074-02760210085 |
| PMID: | 34406222 |
| قاعدة البيانات: | MEDLINE |
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