Se aislaron, identificaron y caracterizaron especies de Trichoderma spp. asociadas a plantas de Pachycereus pringlei y Jatropha cinerea como agentes de biocontrol hacia hongos fitopatógenos. Los agentes antagónicos se aislaron de seis sitios en Baja California Sur, México. La identificación se realizó en base a sus características morfológicas y se determinó; abundancia, frecuencia de ocurrencia y antagonismo in vitro hacia F. oxysporum, F. solani, R. solani, C. gloeosporioides y A. alternata. Se obtuvieron 18 aislamientos de Trichoderma concentrados en siete especies: T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum, T. koningii, T. viride, T. longibrachiatum y Trichoderma sp. La prueba de Duncan (pin vitro, T. koningii inhibió significativamente el crecimiento de los hongos fitopatógenos comparado con el control comercial. La actividad antifúngica de las diversas especies de Trichoderma spp. pueden ser una alternativa para el biocontrol de enfermedades ocasionadas por hongos fitopatógenos de las especies analizadas.