Characterization of Regulatory RNAs and Transposon Loci in Eggplant (Solanum melongena L.)
| العنوان: | Characterization of Regulatory RNAs and Transposon Loci in Eggplant (Solanum melongena L.) |
|---|---|
| المؤلفون: | Malyemez, Dilay |
| المساهمون: | Uncu, Ali Tevfik, NEÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı |
| بيانات النشر: | Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022. |
| سنة النشر: | 2022 |
| مصطلحات موضوعية: | Transpozonlar, Marker development, non-coding RNA, Transposon elements, Microsatellite, Patlıcan, Eggplant, ncRNA, Mikrosatellit, Markör geliştirme |
| الوصف: | Yüksek Lisans Tezi Patlıcan Solanaceae ailesinin en önemli üyelerinden, besleyicilik özellikleri ve ekonomik değeri yüksek bir bitki türü olmasına rağmen genetik ıslah, moleküler genetik çalışmalar bakımından domates ve patates, biber gibi ailenin diğer önemli türlerine kıyasla daha az çalışılmıştır. Sunulan tez kapsamında patlıcan genomuna ait referans genom verisi transpozon lokusları, kodlamayan RNA ve transmembran protein sınıflandırması bakımından biyoinformatik yaklaşımlar ile karakterize edilmiştir. Çalışma sonucunda elde edilen kodlamayan RNA sekansları, transpozon sekansları ve patlıcanın var olan EST sekansı verileri regülatör markör geliştirme potansiyelleri bakımından araştırılmıştır. Çalışma kapsamımda ilk kez patlıcan genomuna spesifik regülatör/fonksiyonel olma potansiyeline sahip tüm genom düzeyinde mikrosatellit markörler geliştirilmiş, yapısal ve fonksiyonları anotasyonları yapılmıştır. Çalıma sonucu üretilen veri patlıcan gen kaynaklarının karakterizasyonu başta olmak üzere patlıcanda markör destekli ıslah çalışmalarına katkı sağlayacaktır. Although eggplant is one of the most important members of the Solanaceae family and is a plant species with high nutritional properties and economic value, genetic breeding has been less studied in terms of molecular genetic studies compared to other important species of the family such as tomato, potato and pepper. Within the scope of the presented thesis, the reference genome of the eggplant genome was featured by bioinformatics approaches in terms of transposon elements, non-coding RNA and transmembrane protein classification. The non-coding RNA sequences, transposon element sequences and the existing EST sequence data of eggplant obtained as a result of the study were investigated in terms of their regulatory marker development potential. Within the scope of my work, for the first time, microsatellite markers at the whole genome level, which have the potential to be regulatory/functional specific to the eggplant genome, were developed and their structural and functional annotations were made. The data produced as a result of the study will contribute to the characterization of eggplant gene sources and marker-assisted breeding studies in eggplant. |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Turkish |
| URL الوصول: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=od______9479::546a45eaeba0e881a8f9278b6e0f2970 https://hdl.handle.net/20.500.12452/8675 |
| حقوق: | EMBARGO |
| رقم الأكسشن: | edsair.od......9479..546a45eaeba0e881a8f9278b6e0f2970 |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| الوصف غير متاح. |