دورية أكاديمية
Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil.
| العنوان: | Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. |
|---|---|
| المؤلفون: | Candido DS; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Claro IM; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., de Jesus JG; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Souza WM; Centro de Pesquisa em Virologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., Moreira FRR; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Dellicour S; Spatial Epidemiology Lab, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium., Mellan TA; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK., du Plessis L; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK., Pereira RHM; Institute for Applied Economic Research, Brasília, Brazil., Sales FCS; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Manuli ER; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Thézé J; Université Clermont Auvergne, INRAE, VetAgro Sup, UMR EPIA, Saint-Genès-Champanelle, France., Almeida L; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Menezes MT; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Voloch CM; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Fumagalli MJ; Centro de Pesquisa em Virologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., Coletti TM; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., da Silva CAM; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Ramundo MS; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Amorim MR; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Hoeltgebaum HH; Department of Mathematics, Imperial College London, London, UK., Mishra S; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK., Gill MS; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium., Carvalho LM; Escola de Matemática Aplicada (EMAp), Fundação Getúlio Vargas, Rio de Janeiro, Brazil., Buss LF; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Prete CA Jr; Department of Electronic Systems Engineering, University of São Paulo, São Paulo, Brazil., Ashworth J; Usher Institute, University of Edinburgh, Edinburgh, UK., Nakaya HI; Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences, University of São Paulo, São Paulo, Brazil., Peixoto PS; Departamento de Matemática Aplicada, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Brady OJ; Department of Infectious Disease Epidemiology, Faculty of Epidemiology and Population Health, London School of Hygiene & Tropical Medicine, London, UK.; Centre for the Mathematical Modelling of Infectious Diseases, London School of Hygiene & Tropical Medicine, London, UK., Nicholls SM; Institute for Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, UK., Tanuri A; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Rossi ÁD; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Braga CKV; Institute for Applied Economic Research, Brasília, Brazil., Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., de C Guimarães AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Gaburo N Jr; DB Diagnósticos do Brasil, São Paulo, Brazil., Alencar CS; LIM 03 Laboratório de Medicina Laboratorial, Hospital das Clínicas Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Ferreira ACS; Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte, Brazil., Lima CX; Departamento de Cirurgia, Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Simile Instituto de Imunologia Aplicada Ltda, Belo Horizonte, Brazil., Levi JE; Laboratório DASA, São Paulo, Brazil., Granato C; Laboratório Fleury, São Paulo, Brazil., Ferreira GM; Laboratório de Virologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, Brazil., Francisco RS Jr; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Granja F; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil.; Centro de Estudos da Biodiversidade, Universidade Federal de Roraima, Boa Vista, Brazil., Garcia MT; Divisão de Doenças Infecciosas, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Moretti ML; Divisão de Doenças Infecciosas, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Perroud MW Jr; Hospital Estadual Sumaré, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Castiñeiras TMPP; Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Lazari CS; Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas, da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Hill SC; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College, Hatfield, UK., de Souza Santos AA; University of Oxford, Latin American Centre, Oxford School of Global and Area Studies, Oxford, UK., Simeoni CL; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Forato J; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Sposito AC; Departamento de Clínica Médica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Schreiber AZ; Departamento de Patologia Clínica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Santos MNN; Departamento de Patologia Clínica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., de Sá CZ; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Souza RP; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Resende-Moreira LC; Departamento de Botânica, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Teixeira MM; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Hubner J; Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Leme PAF; Centro de Saúde da Comunidade, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Moreira RG; Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Nogueira ML; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Ferguson NM; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK., Costa SF; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Proenca-Modena JL; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil., Vasconcelos ATR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Bhatt S; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK., Lemey P; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, KU Leuven, Leuven, Belgium., Wu CH; Mathematical Sciences, University of Southampton, Southampton, UK., Rambaut A; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, UK., Loman NJ; Institute for Microbiology and Infection, University of Birmingham, Birmingham, UK., Aguiar RS; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Pybus OG; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK., Sabino EC; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. sabinoec@usp.br nfaria@ic.ac.uk.; Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Faria NR; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK. sabinoec@usp.br nfaria@ic.ac.uk.; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil.; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, J-IDEA, Imperial College London, London, UK. |
| مؤلفون مشاركون: | Brazil-UK Centre for Arbovirus Discovery, Diagnosis, Genomics and Epidemiology (CADDE) Genomic Network |
| المصدر: | Science (New York, N.Y.) [Science] 2020 Sep 04; Vol. 369 (6508), pp. 1255-1260. Date of Electronic Publication: 2020 Jul 23. |
| نوع المنشور: | Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't |
| اللغة: | English |
| بيانات الدورية: | Publisher: American Association for the Advancement of Science Country of Publication: United States NLM ID: 0404511 Publication Model: Print-Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 1095-9203 (Electronic) Linking ISSN: 00368075 NLM ISO Abbreviation: Science Subsets: MEDLINE |
| أسماء مطبوعة: | Publication: Original Publication: New York, N.Y. : [s.n.] 1880- |
| مواضيع طبية MeSH: | Betacoronavirus/*genetics , Coronavirus Infections/*epidemiology , Coronavirus Infections/*transmission , Pneumonia, Viral/*epidemiology , Pneumonia, Viral/*transmission, Basic Reproduction Number ; Bayes Theorem ; Betacoronavirus/classification ; Brazil/epidemiology ; COVID-19 ; COVID-19 Testing ; Cities/epidemiology ; Clinical Laboratory Techniques ; Coronavirus Infections/diagnosis ; Coronavirus Infections/prevention & control ; Coronavirus Infections/virology ; Europe ; Evolution, Molecular ; Genome, Viral ; Humans ; Models, Genetic ; Models, Statistical ; Pandemics/prevention & control ; Phylogeny ; Phylogeography ; Pneumonia, Viral/prevention & control ; Pneumonia, Viral/virology ; SARS-CoV-2 ; Spatio-Temporal Analysis ; Travel ; Urban Population |
| مستخلص: | Brazil currently has one of the fastest-growing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemics in the world. Because of limited available data, assessments of the impact of nonpharmaceutical interventions (NPIs) on this virus spread remain challenging. Using a mobility-driven transmission model, we show that NPIs reduced the reproduction number from >3 to 1 to 1.6 in São Paulo and Rio de Janeiro. Sequencing of 427 new genomes and analysis of a geographically representative genomic dataset identified >100 international virus introductions in Brazil. We estimate that most (76%) of the Brazilian strains fell in three clades that were introduced from Europe between 22 February and 11 March 2020. During the early epidemic phase, we found that SARS-CoV-2 spread mostly locally and within state borders. After this period, despite sharp decreases in air travel, we estimated multiple exportations from large urban centers that coincided with a 25% increase in average traveled distances in national flights. This study sheds new light on the epidemic transmission and evolutionary trajectories of SARS-CoV-2 lineages in Brazil and provides evidence that current interventions remain insufficient to keep virus transmission under control in this country. (Copyright © 2020 The Authors, some rights reserved; exclusive licensee American Association for the Advancement of Science. No claim to original U.S. Government Works.) |
| References: | Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2008 Dec 27;363(1512):3985-95. (PMID: 18852111) Nat Protoc. 2017 Jun;12(6):1261-1276. (PMID: 28538739) Euro Surveill. 2020 Mar;25(12):. (PMID: 32234121) Bioinformatics. 2010 Feb 1;26(3):401-2. (PMID: 19965881) Virus Evol. 2020 Aug 19;6(2):veaa061. (PMID: 33235813) Mol Biol Evol. 2010 Aug;27(8):1877-85. (PMID: 20203288) Nat Commun. 2020 Sep 16;11(1):4674. (PMID: 32938924) Epidemiol Serv Saude. 2020 Mar 23;29(1):e2020002. (PMID: 32215535) Genetics. 2006 Apr;172(4):2665-81. (PMID: 16489234) Mem Inst Oswaldo Cruz. 2020 Sep 25;115:e200310. (PMID: 32997001) Lancet. 2013 Dec 14;382(9909):1993-2002. (PMID: 24055451) Mol Biol Evol. 2021 Apr 13;38(4):1608-1613. (PMID: 33316043) mBio. 2014 Feb 18;5(1):. (PMID: 24549846) Virus Evol. 2018 Jun 08;4(1):vey016. (PMID: 29942656) Science. 2020 May 8;368(6491):638-642. (PMID: 32234804) J Math Biol. 2008 Mar;56(3):391-412. (PMID: 17874105) J Mol Evol. 1985;22(2):160-74. (PMID: 3934395) Syst Biol. 2018 Sep 1;67(5):901-904. (PMID: 29718447) Mol Biol Evol. 2009 Apr;26(4):801-14. (PMID: 19131426) Euro Surveill. 2020 Jan;25(3):. (PMID: 31992387) J Travel Med. 2020 May 18;27(3):. (PMID: 32211799) Nat Commun. 2018 Jun 8;9(1):2222. (PMID: 29884821) BMC Evol Biol. 2004 Jun 28;4:21. (PMID: 15222897) Nat Med. 2020 Apr;26(4):450-452. (PMID: 32284615) Emerg Infect Dis. 2020 Jul;26(7):1633-1635. (PMID: 32294051) Syst Biol. 2012 Jan;61(1):170-3. (PMID: 21963610) Science. 2020 May 8;368(6491):. (PMID: 32234805) Rev Soc Bras Med Trop. 2020 Apr 17;53:e20200167. (PMID: 32320998) Elife. 2018 Jan 16;7:. (PMID: 29336306) Mol Biol Evol. 2006 Feb;23(2):254-67. (PMID: 16221896) PLoS One. 2020 Jul 16;15(7):e0235732. (PMID: 32673323) Virus Evol. 2015 May 26;1(1):vev003. (PMID: 27774277) Nature. 2020 Aug;584(7820):257-261. (PMID: 32512579) Mol Biol Evol. 2013 Mar;30(3):713-24. (PMID: 23180580) Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 2020;62:e30. (PMID: 32401959) Lancet Infect Dis. 2020 Jun;20(6):669-677. (PMID: 32240634) Euro Surveill. 2017 Mar 30;22(13):. (PMID: 28382917) J Mol Evol. 1994 Sep;39(3):306-14. (PMID: 7932792) Methods Mol Biol. 2014;1079:131-46. (PMID: 24170399) Science. 2014 Oct 3;346(6205):56-61. (PMID: 25278604) Mol Biol Evol. 2020 May 1;37(5):1530-1534. (PMID: 32011700) J Travel Med. 2020 Mar 13;27(2):. (PMID: 32052846) N Engl J Med. 2020 May 28;382(22):2081-2090. (PMID: 32329971) Virus Evol. 2016 Apr 09;2(1):vew007. (PMID: 27774300) Nature. 2020 Jun;582(7813):561-565. (PMID: 32365353) Bioinformatics. 2009 Aug 15;25(16):2078-9. (PMID: 19505943) Science. 2020 May 1;368(6490):493-497. (PMID: 32213647) Bioinformatics. 2016 Oct 15;32(20):3204-3206. (PMID: 27334476) Nat Med. 2020 Apr;26(4):506-510. (PMID: 32284616) Cell. 2020 May 28;181(5):997-1003.e9. (PMID: 32359424) PLoS Comput Biol. 2009 Sep;5(9):e1000520. (PMID: 19779555) Nature. 2020 Aug;584(7821):425-429. (PMID: 32604404) Nat Microbiol. 2020 Nov;5(11):1403-1407. (PMID: 32669681) Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269. (PMID: 32015508) Euro Surveill. 2020 Mar;25(10):. (PMID: 32183930) |
| معلومات مُعتمدة: | MC_PC_19012 United Kingdom MRC_ Medical Research Council; MR/S019510/1 United Kingdom MRC_ Medical Research Council; United Kingdom WT_ Wellcome Trust; MR/J014370/1 United Kingdom MRC_ Medical Research Council; MR/M501621/1 United Kingdom MRC_ Medical Research Council; MR/R015600/1 United Kingdom MRC_ Medical Research Council |
| سلسلة جزيئية: | Dryad 10.5061/dryad.rxwdbrv5z |
| تواريخ الأحداث: | Date Created: 20200725 Date Completed: 20200918 Latest Revision: 20240211 |
| رمز التحديث: | 20240211 |
| مُعرف محوري في PubMed: | PMC7402630 |
| DOI: | 10.1126/science.abd2161 |
| PMID: | 32703910 |
| قاعدة البيانات: | MEDLINE |
Full Text Finder | تدمد: | 1095-9203 |
|---|---|
| DOI: | 10.1126/science.abd2161 |