دورية أكاديمية
Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil.
| العنوان: | Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil. |
|---|---|
| المؤلفون: | Adelino TÉR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Giovanetti M; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil. giovanetti.marta@gmail.com., Fonseca V; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Xavier J; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Abreu ÁS; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., do Nascimento VA; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia, Instituto Leônidas e Maria Deane, Fiocruz, Manaus, Amazonas, Brazil., Demarchi LHF; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Oliveira MAA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., da Silva VL; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil., de Mello ALES; Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz, Salvador, Bahia, Brazil., Cunha GM; Secretaria de Saúde do Estado da Bahia, Salvador, Bahia, Brazil., Santos RH; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral, Recife, Pernambuco, Brazil., de Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Júnior JAC; Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Melo Iani FC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., de Filippis AMB; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Abreu AL; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Jesus R; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Albuquerque CFC; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Rico JM; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., do Carmo Said RF; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Silva JA; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Moura NFO; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Leite P; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Frutuoso LCV; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Haddad SK; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Martínez A; Gorgas Memorial Institute for Health Studies, Panama, Panama., Barreto FK; Universidade Federal da Bahia, Vitória da Conquista, Bahia, Brazil., Vazquez CC; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., da Cunha RV; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Araújo ELL; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Oliveira Tosta SF; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Araújo Fabri A; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Chalhoub FLL; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., da Silva Lemos P; Instituto Evandro Chagas, Belém, Pará, Brazil., de Bruycker-Nogueira F; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Castro Lichs GG; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Zardin MCSU; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Segovia FMC; Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, San Lorenzo, Paraguay., Gonçalves CCM; Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Grillo ZDCF; Fundação Oswaldo Cruz, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Slavov SN; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Pereira LA; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil., Mendonça AF; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil., Pereira FM; Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz, Salvador, Bahia, Brazil., de Magalhães JJF; Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral, Recife, Pernambuco, Brazil., Dos Santos Júnior ACM; Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Lima MM; Secretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Bahia, Brazil., Nogueira RMR; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Góes-Neto A; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., de Carvalho Azevedo VA; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Ramalho DB; Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Oliveira WK; Hospital das Forças Armadas, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Macario EM; Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Medeiros AC; Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Pimentel V; Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade Nova de Lisboa, Lisboa, Portugal., Holmes EC; Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, NSW, Australia., de Oliveira T; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Lourenço J; Department of Zoology, Peter Medawar Building, University of Oxford, Oxford, UK. jose.lourenco@zoo.ox.ac.uk., Alcantara LCJ; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br. |
| مؤلفون مشاركون: | Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network |
| المصدر: | Nature communications [Nat Commun] 2021 Apr 16; Vol. 12 (1), pp. 2296. Date of Electronic Publication: 2021 Apr 16. |
| نوع المنشور: | Journal Article; Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't |
| اللغة: | English |
| بيانات الدورية: | Publisher: Nature Pub. Group Country of Publication: England NLM ID: 101528555 Publication Model: Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 2041-1723 (Electronic) Linking ISSN: 20411723 NLM ISO Abbreviation: Nat Commun Subsets: MEDLINE |
| أسماء مطبوعة: | Original Publication: [London] : Nature Pub. Group |
| مواضيع طبية MeSH: | Epidemiological Monitoring*, Dengue/*epidemiology , Dengue Virus/*genetics , Epidemics/*prevention & control, Brazil/epidemiology ; Dengue/prevention & control ; Dengue/transmission ; Dengue/virology ; Dengue Virus/isolation & purification ; Feasibility Studies ; Genetic Variation ; Genome, Viral/genetics ; Humans ; Mobile Health Units ; Molecular Epidemiology ; Molecular Typing ; Phylogeny ; Proof of Concept Study ; RNA, Viral/genetics ; RNA, Viral/isolation & purification ; Real-Time Polymerase Chain Reaction ; Retrospective Studies ; Whole Genome Sequencing |
| مستخلص: | Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015-2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses. |
| References: | Virus Evol. 2018 Jun 08;4(1):vey016. (PMID: 29942656) JMIR Res Protoc. 2019 Mar 07;8(3):e11745. (PMID: 30843870) Science. 1985 Aug 23;229(4715):726-33. (PMID: 4023707) Elife. 2015 Jun 30;4:e08347. (PMID: 26126267) Mol Biol Evol. 2013 Feb;30(2):239-43. (PMID: 23090976) Am J Trop Med Hyg. 2010 Jan;82(1):128-35. (PMID: 20065008) Mol Biol Evol. 2012 Jun;29(6):1533-43. (PMID: 22319149) PLoS Negl Trop Dis. 2019 May 8;13(5):e0007231. (PMID: 31067235) Emerg Infect Dis. 2019 Apr;25(4):784-787. (PMID: 30882320) Nat Methods. 2017 Jun;14(6):587-589. (PMID: 28481363) PLoS Comput Biol. 2009 Sep;5(9):e1000520. (PMID: 19779555) Infect Genet Evol. 2016 Nov;45:454-460. (PMID: 27713055) Emerg Infect Dis. 2012 Nov;18(11):1858-64. (PMID: 23092706) PLoS One. 2013;8(3):e59422. (PMID: 23533624) Nat Commun. 2021 Jan 8;12(1):151. (PMID: 33420058) Mem Inst Oswaldo Cruz. 2020;115:e190423. (PMID: 32428189) Virol J. 2011 Aug 03;8:387. (PMID: 21813012) Evol Appl. 2017 Nov 05;11(4):516-533. (PMID: 29636803) Cell Rep. 2020 Oct 6;33(1):108226. (PMID: 33027653) Mol Biol Evol. 2013 Apr;30(4):772-80. (PMID: 23329690) Bioinformatics. 2014 Nov 15;30(22):3276-8. (PMID: 25095880) Science. 2018 Aug 31;361(6405):894-899. (PMID: 30139911) Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 1983 Jan-Feb;25(1):53-4. (PMID: 6879054) Arch Virol. 2012 Nov;157(11):2061-73. (PMID: 22777179) Nat Commun. 2019 Dec 16;10(1):5730. (PMID: 31844054) PLoS One. 2019 Dec 11;14(12):e0225879. (PMID: 31825989) Nat Commun. 2021 May 11;12(1):2619. (PMID: 33976183) Nature. 2017 Jun 15;546(7658):406-410. (PMID: 28538727) Nat Protoc. 2017 Jun;12(6):1261-1276. (PMID: 28538739) Genome Med. 2016 Sep 29;8(1):97. (PMID: 27683027) Nat Immunol. 2016 Sep;17(9):1102-8. (PMID: 27339099) BMC Med. 2015 Apr 30;13:102. (PMID: 25976325) PLoS Comput Biol. 2014 Apr 10;10(4):e1003537. (PMID: 24722319) J Med Virol. 2017 Jun;89(6):966-973. (PMID: 27926790) Bioinformatics. 2019 Mar 1;35(5):871-873. (PMID: 30124794) Mem Inst Oswaldo Cruz. 1986 Apr-Jun;81(2):245-6. (PMID: 3587006) Mol Biol Evol. 2015 Jan;32(1):268-74. (PMID: 25371430) Parasit Vectors. 2018 Apr 24;11(1):264. (PMID: 29690895) Virus Evol. 2016 Apr 09;2(1):vew007. (PMID: 27774300) Mem Inst Oswaldo Cruz. 1990 Apr-Jun;85(2):253. (PMID: 2087163) Mem Inst Oswaldo Cruz. 2001 Oct;96(7):925-6. (PMID: 11685256) Methods Ecol Evol. 2019 Aug;10(8):1357-1370. (PMID: 32391139) Virology. 1990 Feb;174(2):479-93. (PMID: 2129562) PLoS Negl Trop Dis. 2014 Apr 17;8(4):e2769. (PMID: 24743730) |
| معلومات مُعتمدة: | U01 AI151698 United States AI NIAID NIH HHS |
| فهرسة مساهمة: | Investigator: EM de Cerqueira; T Graf; W Ramalho; W Navegantes; RB Reis; CG Duarte; MA Pereira; PE de Souza da Silva; RA de Souza; A Pauvolid-Corrêa; AA Pereira de Paiva; HM Fritsch; MA Mares-Guia; MC Torres; MT Lima; P Sequeira; W de Almeida Marques; JF de Jesus; FG Naveca; AL Silva; AC Pinto; AK Jaiswal; ÉN Lopes; FM Rodrigues da Costa; G Quintanilha-Peixoto; GC Soares; PLC Fonseca; RP de Souza; RB Kato; RPS Santos; S Tiwari; WG Nogueira; BSÁ da Silva Santos; BL Bueno; IC de Siqueira; LF Vallve; MMN Borba; AS Mazzetto; FAA Aguiar; I da Silva Gomes; JJPA Abrantes; LT Watanabe; MF da Silva Rego; VB Nardy; SF de Aguiar; FCP Dos Santos; ALN Queiroz; BTD Nunes; LC Martins; MRT Nunes; FC da Silva Salles; IM Claro; JG de Jesus; D da Silva Cândido; CM Fabbri; C González; L Saéz; M Chen-Germán; JL Barrera; JE Ramírez-González; J Campos; NM Faller; MEV Villalobos; R Kaslin; SPS Cisneros; FF Aburjaile; CD Amaral; DBC de Sousa Freire; LN Cruz; D Mattos; LFL Landeira; MT de Menezes; IM Orioli; AC Ferraz; DT de Oliveira; AB Reis; RG de Sá Cota; R Dos Santos Bezerra; MB Falcão; RD de Oliveira Carvalho |
| المشرفين على المادة: | 0 (RNA, Viral) |
| تواريخ الأحداث: | Date Created: 20210417 Date Completed: 20210503 Latest Revision: 20240401 |
| رمز التحديث: | 20240401 |
| مُعرف محوري في PubMed: | PMC8052316 |
| DOI: | 10.1038/s41467-021-22607-0 |
| PMID: | 33863880 |
| قاعدة البيانات: | MEDLINE |
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Full Text Finder | تدمد: | 2041-1723 |
|---|---|
| DOI: | 10.1038/s41467-021-22607-0 |