دورية أكاديمية
أعرض في EDS

Epitopes Displayed in a Cyclic Peptide Scaffold Bind SARS-COV-2 Antibodies.

التفاصيل البيبلوغرافية
العنوان: Epitopes Displayed in a Cyclic Peptide Scaffold Bind SARS-COV-2 Antibodies.
المؤلفون: Eriksson C; Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University Biomedical Centre, Box 591, 75123, Uppsala, Sweden., Gunasekera S; Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University Biomedical Centre, Box 591, 75123, Uppsala, Sweden., Muhammad T; Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University Biomedical Centre, Box 591, 75123, Uppsala, Sweden., Zhang M; Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University Biomedical Centre, Box 591, 75123, Uppsala, Sweden., Laurén I; Department of Pharmacy, Uppsala University Biomedical Centre, 75123, Uppsala, Sweden., Mangsbo SM; Department of Pharmacy, Uppsala University Biomedical Centre, 75123, Uppsala, Sweden., Lord M; Department of Pharmacy, Uppsala University Biomedical Centre, 75123, Uppsala, Sweden., Göransson U; Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University Biomedical Centre, Box 591, 75123, Uppsala, Sweden.
المصدر: Chembiochem : a European journal of chemical biology [Chembiochem] 2023 Aug 01; Vol. 24 (15), pp. e202300103. Date of Electronic Publication: 2023 Jul 12.
نوع المنشور: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't
اللغة: English
بيانات الدورية: Publisher: Wiley-VCH Verlag Country of Publication: Germany NLM ID: 100937360 Publication Model: Print-Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 1439-7633 (Electronic) Linking ISSN: 14394227 NLM ISO Abbreviation: Chembiochem Subsets: MEDLINE
أسماء مطبوعة: Original Publication: Weinheim, Germany : Wiley-VCH Verlag, c2000-
مواضيع طبية MeSH: COVID-19*, Humans ; SARS-CoV-2 ; Epitopes ; Antibodies, Viral ; Peptides ; Peptides, Cyclic
مستخلص: The SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19 is a global health issue. The spread of the virus has resulted in seven million deaths to date. The emergence of new viral strains highlights the importance of continuous surveillance of the SARS-CoV-2 virus by using timely and accurate diagnostic tools. Here, we used a stable cyclic peptide scaffolds to present antigenic sequences derived from the spike protein that are reactive to SARS-CoV-2 antibodies. Using peptide sequences from different domains of SARS-CoV-2 spike proteins, we grafted epitopes on the peptide scaffold sunflower trypsin inhibitor 1 (SFTI-1). These scaffold peptides were then used to develop an ELISA to detect SARS-CoV-2 antibodies in serum. We show that displaying epitopes on the scaffold improves reactivity overall. One of the scaffold peptides (S2_1146-1161_c) has reactivity equal to that of commercial assays, and shows diagnostic potential.
(© 2023 The Authors. ChemBioChem published by Wiley-VCH GmbH.)
References: J. F. W. Chan, S. Yuan, K. H. Kok, K. K. W. To, H. Chu, J. Yang, F. Xing, J. Liu, C. C. Y. Yip, R. W. S. Poon, H. W. Tsoi, S. K. F. Lo, K. H. Chan, V. K. M. Poon, W. M. Chan, J. D. Ip, J. P. Cai, V. C. C. Cheng, H. Chen, C. K. M. Hui, K. Y. Yuen, Lancet 2020, 395, 514-523.
C. Wang, P. W. Horby, F. G. Hayden, G. F. Gao, Lancet 2020, 395, 470-473.
C. Huang, Y. Wang, X. Li, L. Ren, J. Zhao, Y. Hu, L. Zhang, G. Fan, J. Xu, X. Gu, Z. Cheng, T. Yu, J. Xia, Y. Wei, W. Wu, X. Xie, W. Yin, H. Li, M. Liu, Y. Xiao, H. Gao, L. Guo, J. Xie, G. Wang, R. Jiang, Z. Gao, Q. Jin, J. Wang, B. Cao, Lancet 2020, 395, 497-506.
A. A. Rabaan, S. H. Al-Ahmed, S. Haque, R. Sah, R. Tiwari, Y. S. Malik, K. Dhama, M. I. Yatoo, D. K. Bonilla-Aldana, A. J. Rodriguez-Morales, Infez. Med. 2020, 28, 174-184.
P. Zhou, X. Lou Yang, X. G. Wang, B. Hu, L. Zhang, W. Zhang, H. R. Si, Y. Zhu, B. Li, C. L. Huang, H. D. Chen, J. Chen, Y. Luo, H. Guo, R. Di Jiang, M. Q. Liu, Y. Chen, X. R. Shen, X. Wang, X. S. Zheng, K. Zhao, Q. J. Chen, F. Deng, L. L. Liu, B. Yan, F. X. Zhan, Y. Y. Wang, G. F. Xiao, Z. L. Shi, Nature 2020, 579, 270-273.
C. Drosten, S. Günther, W. Preiser, S. van der Werf, H.-R. Brodt, S. Becker, H. Rabenau, M. Panning, L. Kolesnikova, R. A. M. Fouchier, A. Berger, A.-M. Burguière, J. Cinatl, M. Eickmann, N. Escriou, K. Grywna, S. Kramme, J.-C. Manuguerra, S. Müller, V. Rickerts, M. Stürmer, S. Vieth, H.-D. Klenk, A. D. M. E. Osterhaus, H. Schmitz, H. W. Doerr, N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1967-1976.
T. G. Ksiazek, D. Erdman, C. S. Goldsmith, S. R. Zaki, T. Peret, S. Emery, S. Tong, C. Urbani, J. A. Comer, W. Lim, N. Engl. J. Med. 2020, 348, 1953-1966.
F. Li, Annu. Rev. Virol. 2016, 3, 237-261.
S. Satarker, M. Nampoothiri, Arch. Med. Res. 2020, 51, 482-491.
C. B. Jackson, M. Farzan, B. Chen, H. Choe, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2022, 23, 3-20.
S. Jiang, C. Hillyer, L. Du, Trends Immunol. 2020, 41, 355-359.
Z. Zhu, S. Chakraborti, Y. He, A. Roberts, T. Sheahan, D. Xiao, L. E. Hensley, P. Prabakaran, B. Rockx, I. A. Sidorov, O. Corti, L. Vogel, Y. Feng, J. O. Kim, L. F. Wang, R. Baric, A. Lanzavecchia, K. M. Curtis, G. J. Nabel, K. Subbarao, S. Jiang, D. S. Dimitrov, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 12123-12128.
R. A. Perera, C. K. Mok, O. T. Tsang, H. Lv, R. L. Ko, N. C. Wu, M. Yuan, W. S. Leung, J. M. Chan, T. S. Chik, C. Y. Choi, K. Leung, K. H. Chan, K. C. Chan, K.-C. Li, J. T. Wu, I. A. Wilson, A. S. Monto, L. L. Poon, M. Peiris, Eurosurveillance 2020, 25, 1-9.
F. Amanat, T. Nguyen, V. Chromikova, S. Strohmeier, D. Stadlbauer, A. Javier, K. Jiang, G. Asthagiri-Arunkumar, J. Polanco, M. Bermudez-Gonzalez, D. Caplivski, A. Cheng, K. Kedzierska, O. Vapalahti, J. Hepojoki, V. Simon, F. Krammer, Nat. Med. 2020, 26, 1033-1036.
S. N. Amrun, C. Y. P. Lee, B. Lee, S. W. Fong, B. E. Young, R. S. L. Chee, N. K. W. Yeo, A. Torres-Ruesta, G. Carissimo, C. M. Poh, Z. W. Chang, M. Z. Tay, Y. H. Chan, M. I. C. Chen, J. G. H. Low, P. A. Tambyah, S. Kalimuddin, S. Pada, S. Y. Tan, L. J. Sun, Y. S. Leo, D. C. Lye, L. Renia, L. F. P. Ng, EBioMedicine 2020, 10.1016/j.ebiom.2020.102911.
S. Gunasekera, F. M. Foley, R. J. Clark, L. Sando, L. J. Fabri, D. J. Craik, N. L. Daly, J. Med. Chem. 2008, 51, 7697-7704.
D. J. Craik, N. L. Daly, T. Bond, C. Waine, J. Mol. Biol. 1999, 294, 1327-1336.
A. G. Poth, L. Y. Chan, D. J. Craik, Biopolymers 2013, 100, 480-491.
D. J. Craik, J. Du, Curr. Opin. Chem. Biol. 2017, 38, 8-16.
D. J. Craik, J. E. Swedberg, J. S. Mylne, M. Cemazar, Expert Opin. Drug Discovery 2012, 7, 179-194.
S. Luckett, R. S. Garcia, J. J. Barker, A. V. Konarev, P. R. Shewry, R. Clarke, R. L. Brady, J. Mol. Biol. 1999, 290, 525-533.
L. Y. Chan, S. Gunasekera, S. T. Henriques, N. F. Worth, S. J. Le, R. J. Clark, J. H. Campbell, D. J. Craik, N. L. Daly, Blood 2011, 118, 6709-6717.
C. K. Wang, S. E. Northfield, Y. H. Huang, M. C. Ramos, D. J. Craik, Eur. J. Med. Chem. 2016, 109, 342-349.
R. Sable, T. Durek, V. Taneja, D. J. Craik, S. Pallerla, T. Gauthier, S. Jois, ACS Chem. Biol. 2016, 11, 2366-2374.
Y. Qiu, M. Taichi, N. Wei, H. Yang, K. Q. Luo, J. P. Tam, J. Med. Chem. 2017, 60, 504-510.
A. C. Conibear, S. Chaousis, T. Durek, K. Johan Rosengren, D. J. Craik, C. I. Schroeder, Biopolymers 2016, 106, 89-100.
F. Zoller, A. Markert, P. Barthe, W. Zhao, W. Weichert, V. Askoxylakis, A. Altmann, W. Mier, U. Haberkorn, Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 13136-13139.
S. Roesch, T. Lindner, M. Sauter, A. Loktev, P. Flechsig, M. Müller, W. Mier, R. Warta, G. Dyckhoff, C. Herold-Mende, U. Haberkorn, A. Altmann, J. Nucl. Med. 2018, 59, 1679-1685.
S. Gunasekera, C. Fernandes-Cerqueira, S. Wennmalm, H. Wähämaa, Y. Sommarin, A. I. Catrina, P. J. Jakobsson, U. Göransson, ACS Chem. Biol. 2018, 13, 1525-1535.
L. Y. Chan, D. J. Craik, N. L. Daly, Biosci. Rep. 2015, 35, 1-12.
L. Y. Chan, D. J. Craik, N. L. Daly, Sci. Rep. 2016, 6, 1-13.
J. Zhang, S. Yamaguchi, T. Nagamune, Biotechnol. J. 2015, 10, 1499-1505.
C. C. Caceres, P. S. Bansal, S. Navarro, D. Wilson, L. Don, P. Giacomin, A. Loukas, N. L. Daly, J. Biol. Chem. 2017, 292, 10288-10294.
T. Durek, P. M. Cromm, A. M. White, C. I. Schroeder, Q. Kaas, J. Weidmann, A. Ahmad Fuaad, O. Cheneval, P. J. Harvey, N. L. Daly, Y. Zhou, A. Dellsén, T. Österlund, N. Larsson, L. Knerr, U. Bauer, H. Kessler, M. Cai, V. J. Hruby, A. T. Plowright, D. J. Craik, J. Med. Chem. 2018, 61, 3674-3684.
R. I. Lehrer, A. M. Cole, M. E. Selsted, J. Biol. Chem. 2012, 287, 27014-27019.
M. L. J. Korsinczky, H. J. Schirra, K. J. Rosengren, J. West, B. A. Condie, L. Otvos, M. A. Anderson, D. J. Craik, J. Mol. Biol. 2001, 311, 579-591.
S. J. De Veer, S. S. Ukolova, C. A. Munro, J. E. Swedberg, A. M. Buckle, J. M. Harris, Biopolymers 2013, 100, 510-518.
Y. Chen, Y. Guo, Y. Pan, Z. J. Zhao, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2020, 525, 135-140.
Y. Li, D. Y. Lai, H. N. Zhang, H. W. Jiang, X. Tian, M. L. Ma, H. Qi, Q. F. Meng, S. J. Guo, Y. Wu, W. Wang, X. Yang, D. W. Shi, J. B. Dai, T. Ying, J. Zhou, S. C. Tao, Cell. Mol. Immunol. 2020, 17, 1095-1097.
L. Farrera-Soler, J.-P. Daguer, S. Barluenga, P. R. Cohen, S. Pagano, S. Yerly, L. Kaiser, N. Vuilleumier, N. Winssinger, PLoS One 2020, 15, 10.1371/journal.pone.0238089.
C. M. Poh, G. Carissimo, B. Wang, S. N. Amrun, C. Y. P. Lee, R. S. L. Chee, S. W. Fong, N. K. W. Yeo, W. H. Lee, A. Torres-Ruesta, Y. S. Leo, M. I. C. Chen, S. Y. Tan, L. Y. A. Chai, S. Kalimuddin, S. S. G. Kheng, S. Y. Thien, B. E. Young, D. C. Lye, B. J. Hanson, C. I. Wang, L. Renia, L. F. P. Ng, Nat. Commun. 2020, 11, 10.1038/s41467-020-16638-2.
V. Shivarov, P. K. Petrov, A. D. Pashov, Front. Immunol. 2020, 11, 1-5.
A. Grifoni, J. Sidney, Y. Zhang, R. H. Scheuermann, B. Peters, A. Sette, Cell Host Microbe 2020, 27, 671-680.e2.
B.-Z. Zhang, Y.-F. Hu, L.-L. Chen, Y.-G. Tong, J.-C. Hu, J.-P. Cai, K. H. Chan, Y. Dou, J. Deng, H.-R. Gong, C. Kuwantrai, W. Li, X.-L. Wang, H. Chu, C-h. Su, I. F.-N. Hung, T. C. C. Yau, K. K. W. To, K. Y. Yuen, J.-D. Huang, Cell Res. 2020, 30, 702-704, https://doi.org/10.1038/s41422-020-0366-x.
J. A. Jaimes, N. M. Andre, J. K. Millet, G. R. Whittaker, ArXiv preprint 2020, 1-36.
E. Y. Wang, T. Mao, J. Klein, Y. Dai, J. D. Huck, F. Liu, S. Zheng, T. Zhou, B. Israelow, P. Wong, C. Lucas, J. Silva, J. E. Oh, E. Song, E. S. Perotti, S. Fischer, M. Campbell, B. John, A. L. Wyllie, C. B. F. Vogels, I. M. Ott, C. C. Kalinich, W. L. Schulz, N. D. Grubaugh, A. I. Ko, A. Iwasaki, A. Ring, Nature 2021, 595, 283-288, 10.1038/s41586-021-03631-y.
Q-D. Su, Y. Yi, Y-N. Zou, Z-Y. Jia, F. Qiu, F. Wang, W-J. Yin, W-T. Zhou, S. Zhang, P-C. Yu, S-L. Bi, L-P. Shen, G-Z. Wu, Vaccine 2020, 38, 5071-5075.
S. Mukherjee, D. Tworowski, R. Detroja, S. B. Mukherjee, M. Frenkel-Morgenstern, Vaccine 2020, 8, 1-17.
T. R. Chan, R. Hilgraf, K. B. Sharpless, V. V. Fokin, Org. Lett. 2004, 6, 2853-2855.
V. Hong, S. I. Presolski, C. Ma, M. G. Finn, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 9879-9883.
F. Manzenrieder, R. Luxenhofer, M. Retzlaff, R. Jordan, M. G. Finn, Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 2601-2605.
Y. Li, M. L. Ma, Q. Lei, F. Wang, W. Hong, D. Y. Lai, H. Hou, Z. W. Xu, B. Zhang, H. Chen, C. Yu, J. B. Xue, Y. X. Zheng, X. N. Wang, H. W. Jiang, H. N. Zhang, H. Qi, S. Juan Guo, Y. Zhang, X. Lin, Z. Yao, J. Wu, H. Sheng, Y. Zhang, H. Wei, Z. Sun, X. Fan, S. C. Tao, Cell Rep. 2021, 34, 108915.
A. V. Wisnewski, C. A. Redlich, J. Liu, K. Kamath, Q. A. Abad, R. F. Smith, L. Fazen, R. Santiago, J. C. Luna, B. Martinez, E. Baum-Jones, R. Waitz, W. A. Haynes, J. C. Shon, PLoS One 2021, 16, 1-13.
S. Gunasekera, T. L. Aboye, W. A. Madian, H. R. El-Seedi, U. Göransson, Int. J. Pept. Res. Ther. 2013, 19, 43-54.
J. Dong, S. J. Zost, A. J. Greaney, T. N. Starr, A. S. Dingens, E. C. Chen, R. E. Chen, J. B. Case, R. E. Sutton, P. Gilchuk, J. Rodriguez, E. Armstrong, C. Gainza, R. S. Nargi, E. Binshtein, X. Xie, X. Zhang, P. Y. Shi, J. Logue, S. Weston, M. E. McGrath, M. B. Frieman, T. Brady, K. M. Tuffy, H. Bright, Y. M. Loo, P. M. McTamney, M. T. Esser, R. H. Carnahan, M. S. Diamond, J. D. Bloom, J. E. Crowe, Nat. Microbiol. 2021, 6, 1233-1244.
فهرسة مساهمة: Keywords: ELISA; SARS-CoV-2; SFTI-1; epitopes; scaffold peptides
المشرفين على المادة: 0 (Epitopes)
0 (Antibodies, Viral)
0 (Peptides)
0 (Peptides, Cyclic)
تواريخ الأحداث: Date Created: 20230406 Date Completed: 20231023 Latest Revision: 20231107
رمز التحديث: 20231107
DOI: 10.1002/cbic.202300103
PMID: 37021633
قاعدة البيانات: MEDLINE
الوصف
تدمد:1439-7633
DOI:10.1002/cbic.202300103