دورية أكاديمية
Development of quantitative multiplex RT-qPCR one step assay for detection of hepatitis delta virus.
| العنوان: | Development of quantitative multiplex RT-qPCR one step assay for detection of hepatitis delta virus. |
|---|---|
| المؤلفون: | da Silva Queiroz JA; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia FIOCRUZ/RO, Rua da Beira, 7176, Porto Velho, 76812-245, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Universidade Federal de Rondônia e Fundação Oswaldo Cruz Rondônia - UNIR/FIOCRUZ/RO, 76801-974, Porto Velho, Brazil., Roca TP; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia FIOCRUZ/RO, Rua da Beira, 7176, Porto Velho, 76812-245, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical, Instituto Oswaldo Cruz/IOC, FIOCRUZ, 21041-250, Rio de Janeiro, Brazil., Souza RB; Centro de Infectologia Charles Merieux & Laboratório Rodolphe Merieux (FUNDHACRE), Rio Branco, 69918-340, Brazil.; Universidade Federal da Bahia - UFBA, Salvador, 40110-909, Brazil., de Souza LFA; Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical, Instituto Oswaldo Cruz/IOC, FIOCRUZ, 21041-250, Rio de Janeiro, Brazil.; Centro de Infectologia Charles Merieux & Laboratório Rodolphe Merieux (FUNDHACRE), Rio Branco, 69918-340, Brazil., Passos-Silva AM; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia FIOCRUZ/RO, Rua da Beira, 7176, Porto Velho, 76812-245, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Universidade Federal de Rondônia e Fundação Oswaldo Cruz Rondônia - UNIR/FIOCRUZ/RO, 76801-974, Porto Velho, Brazil., da Silva ALF; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia FIOCRUZ/RO, Rua da Beira, 7176, Porto Velho, 76812-245, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Universidade Federal de Rondônia e Fundação Oswaldo Cruz Rondônia - UNIR/FIOCRUZ/RO, 76801-974, Porto Velho, Brazil., de Castro E Silva E; Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical, Instituto Oswaldo Cruz/IOC, FIOCRUZ, 21041-250, Rio de Janeiro, Brazil.; Centro de Pesquisa em Medicina Tropical - CEPEM, Porto Velho, 76812-329, Brazil., Borzacov LMP; Centro de Pesquisa em Medicina Tropical - CEPEM, Porto Velho, 76812-329, Brazil., de Cássia Pontello Rampazzo R; Instituto de Biologia Molecular do Paraná - IBMP, 81350-010, Curitiba, Brazil., Dos Santos Pereira S; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia FIOCRUZ/RO, Rua da Beira, 7176, Porto Velho, 76812-245, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Universidade Federal de Rondônia e Fundação Oswaldo Cruz Rondônia - UNIR/FIOCRUZ/RO, 76801-974, Porto Velho, Brazil., Dantas TO; Universidade Federal do Acre - UFAC, Rio Branco, 69915-900, Brazil., Mazaro J; Laboratório Central de Saúde Pública do Acre - LACEN/AC, Rio Branco, 69900-614, Brazil., Villar LM; Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical, Instituto Oswaldo Cruz/IOC, FIOCRUZ, 21041-250, Rio de Janeiro, Brazil., Salcedo JMV; Universidade Federal de Rondônia - UNIR, Porto Velho, 76801-974, Brazil., da Matta DA; Centro de Infectologia Charles Merieux & Laboratório Rodolphe Merieux (FUNDHACRE), Rio Branco, 69918-340, Brazil., Vieira D; Fundação Oswaldo Cruz Rondônia FIOCRUZ/RO, Rua da Beira, 7176, Porto Velho, 76812-245, Brazil. deusilene.vieira@fiocruz.br.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Universidade Federal de Rondônia e Fundação Oswaldo Cruz Rondônia - UNIR/FIOCRUZ/RO, 76801-974, Porto Velho, Brazil. deusilene.vieira@fiocruz.br. |
| المصدر: | Scientific reports [Sci Rep] 2023 Jul 26; Vol. 13 (1), pp. 12073. Date of Electronic Publication: 2023 Jul 26. |
| نوع المنشور: | Journal Article |
| اللغة: | English |
| بيانات الدورية: | Publisher: Nature Publishing Group Country of Publication: England NLM ID: 101563288 Publication Model: Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 2045-2322 (Electronic) Linking ISSN: 20452322 NLM ISO Abbreviation: Sci Rep Subsets: MEDLINE |
| أسماء مطبوعة: | Original Publication: London : Nature Publishing Group, copyright 2011- |
| مواضيع طبية MeSH: | Hepatitis D*/epidemiology , Hepatitis B* , Hepatitis A*, Humans ; Hepatitis Delta Virus/genetics ; RNA, Viral/genetics ; Hepatitis B virus/genetics |
| مستخلص: | Hepatitis Delta is a disease caused by exposure to hepatitis B (HBV) and hepatitis D (HDV) viruses, usually with a more severe clinical outcome when compared to an HBV monoinfection. To date, the real prevalence of HDV infection is underestimated and detection methods are poorly available, especially in more endemic regions. Therefore, a one-step RT-qPCR method for quantification of HDV-RNA was developed. Biological samples were selected between 2017 and 2023 from patients at the Ambulatório Especializado em Hepatites Virais of the Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia and Serviço de Assistência Especializada and underwent the test developed by this study and a second quantitative RT-qPCR assay. The slope of the initial quantitative assay was - 3.321 with an efficiency of 100.04% and amplification factor equal to 2. Analysis of the repeatability data revealed a Limit of Quantification of 5 copies/reaction and Limit of Detection (95%) of 2.83 copies per reaction. In the diagnostic sensitivity tests, there was an accuracy of 97.37% when compared to the reference test. This assay proved to be highly efficient and reproducible, making it a valuable tool to monitor hepatitis Delta patients and assess the risk of disease progression, as well as the effectiveness of treatment. (© 2023. The Author(s).) |
| References: | J Mol Endocrinol. 2000 Oct;25(2):169-93. (PMID: 11013345) Clin Chem. 2009 Apr;55(4):611-22. (PMID: 19246619) Front Microbiol. 2017 Feb 02;8:108. (PMID: 28210243) J Clin Microbiol. 2005 May;43(5):2363-9. (PMID: 15872267) Virol J. 2015 Oct 24;12:172. (PMID: 26497287) J Hepatol. 2020 Sep;73(3):523-532. (PMID: 32335166) Semin Liver Dis. 2012 Aug;32(3):228-36. (PMID: 22932971) J Immunol Methods. 2003 Jul;278(1-2):261-9. (PMID: 12957413) World J Gastroenterol. 2021 Jun 28;27(24):3530-3542. (PMID: 34239267) J Mol Microbiol Biotechnol. 2014;24(1):46-52. (PMID: 24296827) Nat Methods. 2013 Nov;10(11):1063-7. (PMID: 24173381) Viruses. 2020 Jun 16;12(6):. (PMID: 32560053) J Infect Dis. 2004 Apr 1;189(7):1151-7. (PMID: 15031781) Viruses. 2022 Jan 22;14(2):. (PMID: 35215809) J Clin Microbiol. 2010 Jun;48(6):2022-9. (PMID: 20351206) Sci Rep. 2018 Feb 1;8(1):2095. (PMID: 29391553) Viruses. 2022 Aug 10;14(8):. (PMID: 36016371) J Clin Microbiol. 2014 Sep;52(9):3334-8. (PMID: 24989607) J Hepatol. 2003;39 Suppl 1:S212-9. (PMID: 14708706) Trop Med Int Health. 2010 Aug;15(8):924-33. (PMID: 20561309) Top Antivir Med. 2014 Jan;21(5):157-63. (PMID: 24531556) Lancet. 2011 Jul 2;378(9785):73-85. (PMID: 21511329) PLoS One. 2015 Nov 16;10(11):e0143164. (PMID: 26569120) J Gen Virol. 2001 Sep;82(Pt 9):2183-2189. (PMID: 11514728) Methods. 2010 Apr;50(4):S1-5. (PMID: 20215014) J Hepatol. 1995;22(1 Suppl):136-9. (PMID: 7602066) J Med Virol. 2019 Jun;91(6):1081-1086. (PMID: 30695106) Gastroenterol Hepatol (N Y). 2022 Sep;18(9):508-520. (PMID: 36397990) J Infect Dis. 1996 Nov;174(5):920-6. (PMID: 8896491) Mol Biol Evol. 2021 Jun 25;38(7):3022-3027. (PMID: 33892491) Front Microbiol. 2022 Apr 06;13:838382. (PMID: 35464929) Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014 Jan;11(1):68-71. (PMID: 24019153) Hepatology. 2018 Apr;67(4):1560-1599. (PMID: 29405329) Clin Liver Dis (Hoboken). 2020 Sep 22;16(3):117-122. (PMID: 33005393) J Virol Methods. 2014 Mar;197:19-24. (PMID: 24316446) |
| المشرفين على المادة: | 0 (RNA, Viral) |
| تواريخ الأحداث: | Date Created: 20230726 Date Completed: 20230728 Latest Revision: 20230729 |
| رمز التحديث: | 20231215 |
| مُعرف محوري في PubMed: | PMC10372040 |
| DOI: | 10.1038/s41598-023-37756-z |
| PMID: | 37495613 |
| قاعدة البيانات: | MEDLINE |
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Full Text Finder | تدمد: | 2045-2322 |
|---|---|
| DOI: | 10.1038/s41598-023-37756-z |