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The draft genomes of Crassostrea gasar and Crassostrea rhizophorae: key resources for leveraging oyster cultivation in the Southwest Atlantic.

التفاصيل البيبلوغرافية
العنوان: The draft genomes of Crassostrea gasar and Crassostrea rhizophorae: key resources for leveraging oyster cultivation in the Southwest Atlantic.
المؤلفون: Lima NCB; Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará (UFC), Fortaleza, CE, 60020-181, Brasil., de Almeida LGP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil., Bainy ACD; Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica, Departamento de Bioquímica, Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), Florianópolis, SC, 88037-000, Brasil., Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil., de Campos Guimarães AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil., Solé-Cava AM; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil., de Melo CMR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil., Lazoski C; Laboratório de Biodiversidade Genômica (LABIG), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-902, Brasil., Zacchi FL; Laboratório de Moluscos Marinhos (LMM), Departamento de Aquicultura, Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), Florianópolis, SC, 88061-600, Brasil., Henning F; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil., Soares LMM; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil., Soares RG; Centro Nacional para a Identificação Molecular do Pescado (CENIMP), Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, RJ, 21941-590, Brasil., Ribeiro Vasconcelos AT; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha, Petrópolis, RJ, 25651-076, Brasil. atrv@lncc.br.
المصدر: BMC genomic data [BMC Genom Data] 2024 Sep 03; Vol. 25 (1), pp. 81. Date of Electronic Publication: 2024 Sep 03.
نوع المنشور: Journal Article
اللغة: English
بيانات الدورية: Publisher: BioMed Central Country of Publication: England NLM ID: 101775394 Publication Model: Electronic Cited Medium: Internet ISSN: 2730-6844 (Electronic) Linking ISSN: 27306844 NLM ISO Abbreviation: BMC Genom Data Subsets: MEDLINE
أسماء مطبوعة: Original Publication: London : BioMed Central, [2021]-
مواضيع طبية MeSH: Crassostrea*/genetics , Crassostrea*/growth & development , Genome*/genetics, Animals ; Aquaculture/methods ; Molecular Sequence Annotation ; Genomics/methods ; Atlantic Ocean
مستخلص: Objectives: The two oyster species studied hold considerable economic importance for artisanal harvest (Crassostrea rhizophorae) and aquaculture (Crassostrea gasar). Their draft genomes will play an important role in the application of genomic methods such as RNAseq, population-based genomic scans aiming at addressing expression responses to pollution stress, adaptation to salinity and temperature variation, and will also permit investigating the genetic bases and enable marker-assisted selection of economically important traits like shell and mantle coloration and resistance to temperature and disease.
Data Description: The draft assembly size of Crassostrea gasar is 506 Mbp, and of Crassostrea rhizophorae is 584 Mbp with scaffolds N50 of 11,3 Mbp and 4,9 Mbp, respectively. The general masked bases by RepeatMasker in both genomes were highly similar using different datasets. The masked bases varied from 9.41% in C. gasar to 10.05% in C. rhizophorae and 42.85% in C. gasar to 44.44% in C. rhizophorae using Dfam and RepeatModeler datasets, respectively. Functional annotation with eggNog resulted in 34,693 annotated proteins in C. rhizophorae and 26,328 in C. gasar. BUSCO analysis shows that almost 99% of genes (5,295) are complete in relation to the mollusk orthologous genes dataset (mollusca_odb10).
(© 2024. The Author(s).)
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فهرسة مساهمة: Keywords: Crassostrea; Gasar; Mollusca; Rhizophorae; Genome
تواريخ الأحداث: Date Created: 20240903 Date Completed: 20240904 Latest Revision: 20240906
رمز التحديث: 20240906
مُعرف محوري في PubMed: PMC11373122
DOI: 10.1186/s12863-024-01262-6
PMID: 39227788
قاعدة البيانات: MEDLINE
الوصف
تدمد:2730-6844
DOI:10.1186/s12863-024-01262-6