التفاصيل البيبلوغرافية
| العنوان: |
Identification of functional candidates amongst hypothetical proteins of Mycobacterium leprae Br4923, a causative agent of leprosy. |
| المؤلفون: |
Naqvi, Ahmad Abu Turab, Ahmad, Faizan, Hassan, Md. Imtaiyaz, Cloutier, S. |
| المصدر: |
Genome; 2015, Vol. 58 Issue 1, p25-42, 18p |
| مصطلحات موضوعية: |
HANSEN'S disease, MYCOBACTERIUM leprae genetics, VIRULENCE of bacteria, BACTERIAL genomes, DATA mining, DISEASE risk factors |
| Abstract (English): |
Mycobacterium leprae is an intracellular obligate parasite that causes leprosy in humans, and it leads to the destruction of peripheral nerves and skin deformation. Here, we report an extensive analysis of the hypothetical proteins (HPs) from M. leprae strain Br4923, assigning their functions to better understand the mechanism of pathogenesis and to search for potential therapeutic interventions. The genome of M. leprae encodes 1604 proteins, of which the functions of 632 are not known (HPs). In this paper, we predicted the probable functions of 312 HPs. First, we classified all HPs into families and subfamilies on the basis of sequence similarity, followed by domain assignment, which provides many clues for their possible function. However, the functions of 320 proteins were not predicted because of low sequence similarity with proteins of known function. Annotated HPs were categorized into enzymes, binding proteins, transporters, and proteins involved in cellular processes. We found several novel proteins whose functions were unknown for M. leprae. These proteins have a requisite association with bacterial virulence and pathogenicity. Finally, our sequence-based analysis will be helpful for further validation and the search for potential drug targets while developing effective drugs to cure leprosy. [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
| Abstract (French): |
Le Mycobacterium leprae est un parasite obligatoire intracellulaire qui cause la lèpre chez l'humain et qui entraine une destruction des nerfs périphériques ainsi qu'une déformation de la peau. Dans ce travail, les auteurs ont réalisé une analyse en profondeur des protéines hypothétiques (HP) de la souche Br4923 du M. leprae afin de leur assigner une fonction, de mieux comprendre le mécanisme de la pathogenèse et de rechercher de meilleures avenues thérapeutiques. Parmi les 1604 protéines codées par le génome du M. leprae, aucune fonction n'était connue pour 632 d'entre elles et celles-ci ont été désignées comme étant des HP. Dans ce travail, les auteurs ont prédit une fonction probable pour 312 de ces HP. Premièrement, toutes les HP ont été classées en familles et sous-familles sur la base de la similarité de séquence et, deuxièmement, en identifiant des domaines conservés, une approche qui a livré de nombreux indices quant à la fonction possible. Des fonctions putatives ont été proposées pour 312 des HP. Cependant, aucune fonction n'a été prédite pour 320 autres protéines en raison de leur faible similarité avec des protéines de fonction connue. Toutes les HP annotées ont été classées comme étant des enzymes, des protéines de liaison, des transporteurs ou des protéines impliquées dans des processus cellulaires. Les auteurs ont trouvé plusieurs protéines inédites dont la fonction était inconnue chez le M. leprae. Ces protéines ont nécessairement une association avec la virulence bactérienne et la pathogénicité. Finalement, cette analyse des séquences sera utile pour de futurs travaux visant à valider ou découvrir de nouvelles cibles pour des médicaments visant à guérir la lèpre. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
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