Resume Le developpement rapide des maladies metaboliques a l’echelle mondiale ne peut etre le seul fait de mutations genetiques mais plutot la consequence coordonnee des traits genetiques et de changements d’habitudes alimentaires. Des observations recentes montrent que l’augmentation de la proportion de graisses dans un regime favorise le developpement rapide d’un microbiote intestinal dont la nouvelle ecologie pourrait etre impliquee dans le developpement des maladies metaboliques. Aujourd’hui, les evidences fonctionnelles s’accumulent rapidement grâce a l’exploitation des souris axeniques depourvues de germes puis recolonisees par des microbiotes fonctionnels. Ainsi, les maladies metaboliques caracterisees par une inflammation a bas bruit pourraient trouver leur origine dans l’augmentation de composants issus du microbiote intestinal, tels que les lipopolysaccharides (LPS). Les manipulations nutritionnelles a base de complements alimentaires, tels que pre- et probiotiques devraient permettre, a terme, de prendre en charge ce changement d’ecologie intestinale afin de restaurer les fonctions saines de ce nouvel organe metabolique que represente le microbiote intestinal.