ATLAS – Nouvelle méthode d’analyse des lignes de traitements à partir du système national des données de santé : exemple de l’étude MYLORD, sur les patients français atteints du myélome multiple
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ATLAS – Nouvelle méthode d’analyse des lignes de traitements à partir du système national des données de santé : exemple de l’étude MYLORD, sur les patients français atteints du myélome multiple
Objectifs L’objectif etait de decrire les lignes de traitements (type de protocole, duree, enchainement) sur une cohorte de plusieurs milliers de patients a partir des donnees medico-administratives du systeme national des donnees de sante (SNDS). Le verrou scientifique etait de transformer des informations medico-administratives en informations cliniquement pertinentes, et de detecter de maniere automatique des protocoles de traitement, malgre des ecarts inevitables entre la theorie et la realite des donnees. Methode Une cohorte de patients incidents ayant des ALD (Affection de longue duree) et/ou des hospitalisations pour myelome multiple (MM) entre 2014 et 2017 a ete identifiee a partir du SNDS (N≈17 500). La premiere etape a ete de recenser aupres de cliniciens l’ensemble des protocoles de traitements theoriques du MM (n = 41). Notons que ces protocoles sont constitues de cycles successifs comportant l’administration de plusieurs traitements dont la sequence de prise est predefinie. Nous avons ensuite recherche dans l’historique medical (depuis 2006) de chaque patient, les remboursements des traitements qui composent ces protocoles theoriques, que ce soit en ville ou a l’hopital. La sequence temporelle des traitements observes pour chaque patient a ensuite ete alignee a chaque protocole theorique recense afin d’obtenir un score de similitude. Nous avons propose pour cela une adaptation de l’algorithme d’alignement de sequences ADN de Smith-Waterman, nommee ATLAS (« Analysis of Treatment Lines using Alignment of Sequences »). Ensuite, une estimation de densite a noyau gaussien a ete operee sur les scores obtenus avec chaque protocole afin de les lisser dans le temps. Cette etape a permis de determiner pour chaque patient, periode par periode, le protocole theorique le plus vraisemblable. Les experts ont ete sollicites pour definir un changement de ligne. L’algorithme fonctionne individuellement sur chaque patient. Les resultats sont ensuite agreges pour decrire les traitements sur l’ensemble de la cohorte. Resultats Apres une premiere iteration, ATLAS a identifie la totalite des lignes de traitements de 77 % des patients incidents. En complement, deux protocoles additionnels, non listes initialement, ont ete detectes par l’algorithme et valides a posteriori par les experts. Par exemple, un protocole compose uniquement de bortezomib a ete detecte pour 13 % des patients en L1. La seconde iteration integrant ces protocoles additionnels a permis d’identifier la totalite des lignes de traitements de 92 % des patients. Pour les 8 % restants, les delivrances et injections rapportees etaient trop peu frequentes sur une partie de leur suivi pour reconstituer un cycle theorique de traitement. Conclusion Cette etude montre la pertinence d’adapter un algorithme d’alignement de sequence d’ADN a la recherche de sequences de soin dans une cohorte. Son couplage avec un lissage gaussien permet l’exploitation automatique des resultats de l’alignement, et donc l’utilisation de l’algorithme sur une grande cohorte. La flexibilite et la resistance aux atypies de l’algorithme permettent de retrouver les lignes de traitement, malgre leurs deviations a la theorie. L’utilisation de cette nouvelle combinaison d’algorithmes sur les donnees du SNDS donne une vision complete des protocoles de traitement dans le domaine du myelome multiple. Elle ouvre ainsi la voie a la description des lignes de traitements dans d’autres pathologies.
