Las floraciones de cianobacterias potencialmente toxicas es uno de los problemas mas difundidos en los sistemas acuaticos a nivel global. Sin embargo, no existen programas de monitoreo sensibles y directamente aplicables a la prediccion de las floraciones y su gestion. Con este objetivo se combinaron conceptos ecologicos y geneticos para generar herramientas para el monitoreo de cianobacterias. Se utilizaron dos aproximaciones: agrupacion de organismos en grupos funcionales basados en morfologia y analisis moleculares (PCR cuantitativo en tiempo real) que indican presencia de genes que codifican para la expresion de cianotoxinas (mcy). Para evaluar las herramientas se realizaron seis campanas de muestreo bimensuales (2013-2014) en seis estaciones con dos sitios en cada una, a lo largo del Rio Uruguay y del Estuario Rio de la Plata, desde Salto Grande hasta Punta del Este. Se observo un gradiente marcado en las variables meteorologicas, fisico-quimicas, y mayores abundancias de organismos planctonicos en Salto Grande y Punta del Este. Se encontro la presencia en todo el gradiente de poblaciones toxicas, con mayor abundancia en Salto, particularmente del complejo Microcystis aeruginosa (CMA). Las variables ambientales mas importantes en determinar el gradiente ambiental y las variaciones en las variables biologicas fueron la salinidad, la temperatura, el viento y la turbidez. Los resultados de los nuevos indicadores (presencia en red del CMA y genes mcy) coincidieron con los tradicionales (ej. clorofila-a) en los casos de floraciones mas severas, y ambos fueron sustantivamente mas sensibles en situaciones de bajas abundancias. La conjuncion de los resultados se aplico a la construccion de un protocolo de monitoreo y un sistema de alerta.
