The future of metabolomics in ELIXIR
| العنوان: | The future of metabolomics in ELIXIR |
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| المؤلفون: | van Rijswijk, M, Beirnaert, C, Caron, C, Cascante, M, Dominguez, V, Dunn, WB, Ebbels, TMD, Giacomoni, F, Gonzalez-Beltran, A, Hankemeier, T, Haug, K, Izquierdo-Garcia, JL, Jimenez, RC, Jourdan, F, Kale, N, Klapa, MI, Kohlbacher, O, Koort, K, Kultima, K, Le Corguillé, G, Moreno, P, Moschonas, NK, Neumann, S, O'Donovan, C, Reczko, M, Rocca-Serra, P, Rosato, A, Salek, RM, Sansone, S-A, Satagopam, V, Schober, D, Shimmo, R, Spicer, RA, Spjuth, O, Thévenot, EA, Viant, MR, Weber, RJM, Willighagen, EL, Zanetti, G, Steinbeck, C |
| المساهمون: | Dutch Techcentre for Life Sciences [Utrecht], Netherlands Metabolomics Centre, Department of Mathematics and Computer Science, ADReM, University of Antwerp (UA), French Institute of Bioinformatics (ELIXIR-FR), Department of Biochemistry and Molecular Biomedicine, Faculty of Science and Technology, Biochemistry and Molecular Biology, University of Barcelona, Birmingham Metabolomics Training Centre, University of Birmingham, Department of Surgery and Cancer, Imperial College London, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), MetaboHUB, Oxford e-Research Centre, University of Oxford, Leiden Academic Centre for Drug Research (LACDR), Universiteit Leiden, European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares, Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias (CIBERES), ELIXIR Hub [Cambridge], Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Forth ICE-HT, Institute of Chemical Engineering Sciences, Foundation for Research and Technology - Hellas (FORTH), Max Planck Institute for Developmental Biology, Max-Planck-Gesellschaft, Department of Computer Science, Duke University [Durham], Center for Bioinformatics, University of Tübingen, The Centre of Excellence in Neural and Behavioural Sciences, Tallinn University, School of Natural Sciences and Health, Department of Medical Sciences (University of Miyasaki), University of Miyasaki, ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of General Biology, Universidade Federal de Minas Gerais [Belo Horizonte] (UFMG), University of Patras, Department of Stress and Developmental Biology, Leibniz Institute of Plant Biochemistry (IPB), BSRC 'Alexander Fleming', Magnetic Resonance Center/Interuniversity Consortium of Magnetic Resonance Metalloproteins, Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Luxembourg Centre For Systems Biomedicine (LCSB), University of Luxembourg [Luxembourg], Université du Luxembourg (Uni.lu), Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Laboratoire Sciences des Données et de la Décision (LS2D), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Department of Bioinformatics, BiGCaT, Maastricht University [Maastricht], NUTRIM, Data-Intensive Computing, CRS4 Bioinformat, Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany], ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), European Project: 654241,H2020,H2020-EINFRA-2014-2,PhenoMeNal(2015), European Commission, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Leiden University, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (FR2424), Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), Federal University of Minas Gerais Belo Horizonte, University of Patras [Patras], University of Florence (UNIFI), Laboratoire d'analyse des données et d'intelligence des systèmes (LADIS), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Maastricht University, Friedrich-Schiller-Universität Jena, ANR-11-INBS-0010/11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d’une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l’innovation(2011), Commission of the European Communities, European Molecular Biology Laboratory, Apollo-University Of Cambridge Repository, van Rijswijk, Merlijn [0000-0002-1067-7766], Beirnaert, Charlie [0000-0003-3007-2569], Gonzalez-Beltran, Alejandra [0000-0003-3499-8262], Haug, Kenneth [0000-0003-3168-4145], Jimenez, Rafael C [0000-0001-5404-7670], Kale, Namrata [0000-0002-4255-8104], Klapa, Maria I [0000-0002-2047-3185], Moschonas, Nicholas K [0000-0002-2556-537X], Rosato, Antonio [0000-0001-6172-0368], Salek, Reza M [0000-0001-8604-1732], Sansone, Susanna-Assunta [0000-0001-5306-5690], Schober, Daniel [0000-0001-8014-6648], Spicer, Rachel A [0000-0002-2807-8796], Spjuth, Ola [0000-0002-8083-2864], Thévenot, Etienne A [0000-0003-1019-4577], Willighagen, Egon L [0000-0001-7542-0286], Steinbeck, Christoph [0000-0001-6966-0814], Apollo - University of Cambridge Repository, RS: NUTRIM - R1 - Obesity, diabetes and cardiovascular health, Bioinformatica, RS: NUTRIM - R4 - Gene-environment interaction, University of Oxford [Oxford], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées |
| المصدر: | F1000Research F1000Research, 2017, 6 (Version 2), ⟨10.12688/f1000research.12342.2⟩ Repisalud Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) F1000Research, Faculty of 1000, 2017, 6, ⟨10.12688/f1000research.12342.1⟩ F1000Research, 6, 1649 F1000Research, 6:1649. F1000 Research Ltd. F1000Research, Faculty of 1000, 2017, 6 (Version 2), ⟨10.12688/f1000research.12342.2⟩ HAL Clermont Université HAL-CEA Hal-Diderot Spiral-Imperial College Digital Repository Hyper Article en Ligne UnpayWall ORCID HAL-Inserm HAL-UPEC / UPEM HAL-Pasteur Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication HAL Descartes F1000Research, 6 |
| بيانات النشر: | HAL CCSD, 2017. |
| سنة النشر: | 2017 |
| مصطلحات موضوعية: | 0301 basic medicine, databases, Data management, computational workflows, infrastructure en ligne, Cloud computing, Computational biology, Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Chemical Biology of the Cell, analyse métabolomique, 03 medical and health sciences, statistical analysis, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [INFO.INFO-DL]Computer Science [cs]/Digital Libraries [cs.DL], Use case, General Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics, signal processing, computer.programming_language, bioinformatics infrastructure, training, 030102 biochemistry & molecular biology, General Immunology and Microbiology, metabolomics, bioinformatics, distributed computing, cloud, business.industry, cloud computing, pipeline, Articles, General Medicine, Opinion Article, Data science, metabolomics, Open data, Identification (information), 030104 developmental biology, Workflow, multi-omics approaches, Elixir (programming language), [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, data standards, computer, Omics technologies |
| الوصف: | We are grateful to the proteomics community for sharing their experiences from their meeting “The future of proteomics in ELIXIR” on March 1–2 2017 in Tübingen, allowing us to build on this and organise our workshop as a one-day event.The meeting was funded by PhenoMeNal, European Commission's Horizon2020 programme, grant agreement number 654241; Metabolomics, the youngest of the major omics technologies, is supported by an active community of researchers and infrastructure developers across Europe. To coordinate and focus efforts around infrastructure building for metabolomics within Europe, a workshop on the "Future of metabolomics in ELIXIR" was organised at Frankfurt Airport in Germany. This one-day strategic workshop involved representatives of ELIXIR Nodes, members of the PhenoMeNal consortium developing an e-infrastructure that supports workflow-based metabolomics analysis pipelines, and experts from the international metabolomics community. The workshop established metabolite identification as the critical area, where a maximal impact of computational metabolomics and data management on other fields could be achieved. In particular, the existing four ELIXIR Use Cases, where the metabolomics community - both industry and academia - would benefit most, and which could be exhaustively mapped onto the current five ELIXIR Platforms were discussed. This opinion article is a call for support for a new ELIXIR metabolomics Use Case, which aligns with and complements the existing and planned ELIXIR Platforms and Use Cases |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | English |
| تدمد: | 2046-1402 |
| URL الوصول: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::90ffb84004904b403858cfc4bb146b8f http://hdl.handle.net/2158/1101245 |
| حقوق: | OPEN |
| رقم الأكسشن: | edsair.doi.dedup.....90ffb84004904b403858cfc4bb146b8f |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 20461402 |
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