Molecular Variability and Genetic Structure of IYMV in Burkina Faso
| العنوان: | Molecular Variability and Genetic Structure of IYMV in Burkina Faso |
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| المؤلفون: | Christophe Brugidou, Florence Vignols, Eric Lacombe, Drissa Sérémé, Oumar Traoré, Bouma James Néya, Nicolas Barro, Martine Bantgratz, Moustapha Koala |
| المساهمون: | Institut de l'Environnement et Recherches Agricoles [Ouagadougou] (INERA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire (CRSBAN/UFR-SVT), Université Joseph Ki-Zerbo [Ouagadougou] (UJZK), Département de mathématiques, Institut de l'Environnement et des Recherches Agricoles (INERA), Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Ouagadougou, Centre national de la recherche scientifique et technologique [Ouagadougou] (CNRST), UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM), Équipe Tolérance aux fautes et Sûreté de Fonctionnement informatique (LAAS-TSF), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) |
| المصدر: | American Journal of Plant Sciences American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2018, 9, pp.311-324. ⟨10.4236/ajps.2018.92025⟩ American Journal of Plant Sciences, 2018, 9, pp.311-324. ⟨10.4236/ajps.2018.92025⟩ |
| بيانات النشر: | HAL CCSD, 2018. |
| سنة النشر: | 2018 |
| مصطلحات موضوعية: | Genetic diversity, Phylogenetic tree, Coat Protein (CP), Phylogenetic Analysis, General Medicine, Biology, biology.organism_classification, Sobemovirus, Nucleotide diversity, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Genetic Variability, Evolutionary biology, GenBank, Genetic structure, parasitic diseases, Imperata yellow mottle virus (IYMV), Genetic variability, Clade, human activities |
| الوصف: | International audience; Imperata yellow mottle virus (IYMV, Sobemovirus) was first described in 2008 in the southwestern region of Burkina Faso (West Africa). The genetic diversity of IYMV was not documented up to day. In this study, the variability of CP of IYMV was evaluated through the molecular characterization of 38 isolates collected in the western part of Burkina Faso. Comparison of sequences of these new isolates and one IYMV sequence available in GenBank revealed that the average nucleotide diversity was low. The ratio of non-synonymous over synonymous nucleotide substitutions per site was low, indicating a CP diversification under strong purifying selection. Despite of the low nucleotide diversity, phylogenetic analyses revealed segregation of IYMV isolates into six major clades. There was no correlation of phylogenetic grouping of isolates based on geographical location. This is the first study of the genetic diversity of IYMV. |
| اللغة: | English |
| تدمد: | 2158-2742 2158-2750 |
| URL الوصول: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::9aab214ff67027e95fabda3f783e767f https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02414129 |
| حقوق: | OPEN |
| رقم الأكسشن: | edsair.doi.dedup.....9aab214ff67027e95fabda3f783e767f |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 21582742 21582750 |
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