Chondroitin sulphates belong to a group of naturally occurring glycosaminoglycans and play a role in many physiological processes including ageing and the effects of various diseases. Research into chondroitin sulphates has found that the most important analytes are 4- and 6-sulphated disaccharides. We developed an HPLC method for the separation and quantification of underivatized chondroitin/dermatan sulphates-unsaturated disaccharides (4- and 6-sulphated disaccharides). This method is based on the separation of disaccharides by amido as well as amino columns under acidic conditions. These columns enabled the successful separation of 4- and 6-sulphated disaccharides using 50 (amido column) and 25 mmol/L (amino column) phosphate buffer, pH 4.25 (detection at 230 nm), at retention times of less than 10 min. The limit of quantification was 0.5 mu g/mL. The applicability of this method was demonstrated through analysis of unsaturated disaccharides produced from the enzymatic digestion of chondroitin/dermatan sulphates of the solubilized extracellular matrix produced from porcine urinary bladder and human umbilical cord. Chondroitin sulfáty patří do skupiny přirozeně se vyskytujících glykosaminoglykanů a hrají roli v mnoha fyziologických procesech včetně stárnutí a vlivu různých nemocí. Výzkum chondroitin sulfátů zjistil, že nejdůležitějšími analyty jsou 4- a 6-sulfatované disacharidy. Vyvinuli jsme metodu HPLC pro separaci a kvantifikaci nederivatizovaných chondroitin / dermatan sulfáty-nenasycených disacharidů (4- a 6-sulfatované disacharidy). Tato metoda je založena na separaci disacharidů amidovými i amino kolonami v kyselém prostředí. Tyto kolony umožnily úspěšnou separaci 4- a 6-sulfatovaných disacharidů s použitím 50 (amidová kolona) a 25 mmol/l (aminová kolona) fosfátového pufru, pH 4,25 (detekce při 230 nm), při retenčních časech kratších než 10 minut. Mez kvantifikace byla 0,5 μg/ml. Použitelnost této metody byla prokázána analýzou nenasycených disacharidů produkovaných enzymatickým štěpením chondroitin / dermatan sulfátů solubilizované extracelulární matrice vyrobené z prasečího močového měchýře a lidské pupeční šňůry.