In Nederland wordt de kwaliteit van de natuur in de meeste Natura 2000-gebieden beperkt door de hoge stikstofbelasting. Deze hoge belasting is een gevolg van de uitstoot van stikstofoxiden en ammoniak door onder meer verkeer, industrie en landbouw. Deze uitstoot bereikt via de lucht de natuurgebieden en slaat neer op de grond / bodem. De stikstofbelasting zal in de toekomst afnemen door het huidige beleid voor de uitstoot van vooral stikstofoxiden. Een deel van deze daling mag voor economische groei worden gebruikt door nieuwe vergunningen voor bijvoorbeeld stallen en wegen af te geven. Deze afweging wordt via de Programmatische Aanpak Stikstof (de PAS) geregeld, die op 1 juli 2015 van start ging. AERIUS is het rekeninstrument waarmee de initiatiefnemer een vergunning aanvraagt. RIVM heeft in 2015-2016 gefaseerd het beheer van AERIUS op zich genomen. Uit onderzoek van het RIVM blijkt dat de manier waarop AERIUS werkt correct is. Het gaat hierbij om de manier om de uitstoot van ammoniak en stikstofoxiden te verwerken en de modellering van de hoeveelheid stikstof die in de natuurgebieden terechtkomt - nu en in de toekomst. Er zijn geen onverklaarbare verschillen waargenomen ten opzichte van de systemen van het RIVM waarmee voor andere beleidsterreinen gegevens over de luchtkwaliteit worden berekend (de Emissieregistratie, grootschalige concentratie en depositiekaarten, de Monitoringstool en de diverse meetnetten om de concentraties in de lucht te meten). Wel doet het RIVM een aantal aanbevelingen om de verwerking van de emissiegegevens eenvoudiger te maken. Daarnaast constateert het RIVM dat de onderbouwing ontbreekt van een aantal beleidsbeslissingen om voor AERIUS hogere emissies te gebruiken dan voor andere beleidstrajecten, zoals voor de NEC-rapportage (emissieplafonds). Dit geldt vooral voor de emissies van het wegverkeer op het hoofdwegennet en voor de emissies van industrie en scheepvaart in het Rijnmondgebied. Het RIVM heeft dit onderzoek op verzoek van het ministerie van Economische zaken uitgevoerd.
